<i>De novo</i> assembly and characterisation of the transcriptome of the Beringian pseudoscorpion
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pseudoscorpions are microarthropods that are distributed from the equator to beyond the Arctic circle. Wyochernes asiaticus (Arachnida: Pseudoscorpiones: Chernetidae) is the northernmost species of pseudoscorpion and is broadly distributed in Beringia, an Arctic and sub-Arctic region that remained unglaciated during the last glacial maximum. Wyochernes asiaticus is anoxia tolerant and has moderate cold tolerance, but nothing is known about the molecular basis of their survival in Canadian polar environments. We de novo assembled and characterised the transcriptome of W. asiaticus collected from the Yukon Territory in northwestern Canada. We assembled an approximately 62.6-million base-pair transcriptome with a mean contig length of 1277, which was 76% complete, according to a benchmark universal single copy orthologue (BUSCO) analysis. We identified 1100 transcripts encoding proteins associated with stress tolerance in these pseudoscorpions, including heat shock proteins, antioxidants, ubiquitination and proteosomal proteins, and sirtuins. We also identified transcripts encoding putative venom proteins. We highlight eight transcripts with high sequence similarity to sequences of venom proteins (ctenitoxins and agatoxins) described from other pseudoscorpions. Our study yields the first transcriptome of a Beringian arthropod, providing important sequence information that will allow future investigation of how W. asiaticus survives in Canadian polar environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».