Differential Expression Analysis of Genes Related to Flesh Color in <i>Hylocereu polyrhizus</i> and <i>Hylocereu undatus</i>
Notice bibliographique
Résumé
Pitaya is a burgeoningly tropical fruit, there are two common varieties, red peel with red pulp and red peel with white pulp.To investigate the reason of different colors in two kinds of pitaya, explore differencially expressed genes (DEGs), in this study, we profiled transcriptome in flesh of two varieties (Hylocereu polyrhizus and Hylocereu undatus) in green stage and mature stage respectively.53 240 reads with high quality were obtained.Analysing the DEGs, we found there were bigger differences in different stage rather than different variety.Gene ontology (GO) functional analysis and KEGG pathway analysis were adopted in R1 VS R3 and W3 VS W3.Through GO analysis, we found many genes enriched in protein binding transcription factor activity in molecule founction.Through KEGG pathway analysis, we found most genes were enriched in biosynthesis of secondary metabolism, amino acid and nucleic acid metabolism, and tyrosine metabolism.In addintion, tyrosine was the precursor of betalaines.In conclusion, the development of Hylocereu polyrhizus accompanying by the synthesis of a large amount of betalaines, tyrosine played a key role as a precursor, and the synthesis of this pigment required a mass of amino acids, enzymes, and transcription factors.Betalaines synthesis pathway has not cleared yet, this study explored key genes related to betalaines synthesis and provided useful information for optimizing the betalaines synthesis pathway, which was the basis of later experiments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».