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Enregistrement W313246375 · doi:10.1609/aaai.v24i1.7496

A Cross-Entropy Method that Optimizes Partially Decomposable Problems: A New Way to Interpret NMR Spectra

2010· article· en· W313246375 sur OpenAlexaff
Siamak Ravanbakhsh, Barnabás Póczos, Russell Greiner

Notice bibliographique

RevueProceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceChemical shiftTask (project management)Entropy (arrow of time)Cluster (spacecraft)NMR spectra databaseSet (abstract data type)Mathematical optimizationSpectral lineAlgorithmMathematicsChemistryPhysicsEngineering

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Some real-world problems are partially decomposable, in that they can be decomposed into a set of coupled sub- problems, that are each relatively easy to solve. However, when these sub-problem share some common variables, it is not sufficient to simply solve each sub-problem in isolation. We develop a technology for such problems, and use it to address the challenge of finding the concentrations of the chemicals that appear in a complex mixture, based on its one-dimensional 1H Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectrum. As each chemical involves clusters of spatially localized peaks, this requires finding the shifts for the clusters and the concentrations of the chemicals, that collectively pro- duce the best match to the observed NMR spectrum. Here, each sub-problem requires finding the chemical concentrations and cluster shifts that can appear within a limited spectrum range; these are coupled as these limited regions can share many chemicals, and so must agree on the concentrations and cluster shifts of the common chemicals. This task motivates CEED: a novel extension to the Cross-Entropy stochastic optimization method constructed to address such partially decomposable problems. Our experimental results in the NMR task show that our CEED system is superior to other well-known optimization methods, and indeed produces the best-known results in this important, real-world application.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,019

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,283 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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