MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3132556712 · doi:10.1139/cjps-2020-0187

Genome-wide association study to identify soybean stem pushing resistance and lodging resistance loci

2021· article· en· W3132556712 sur OpenAlexaffvenueabout
Shin Kato, Bahram Samanfar, Malcolm J. Morrison, Wubishet A. Bekele, Davoud Torkamaneh, Istvan Rajcan, Louise S. O’Donoughue, François Belzile, Elroy R. Cober

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Plant Science · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSoybean genetics and cultivation
Établissements canadiensUniversité LavalUniversity of GuelphCarleton UniversityGrain Research CentreAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésQuantitative trait locusBiologyGeneticsAlleleResistance (ecology)Main stemChromosomeGenome-wide association studyGeneAgronomyGenotypeSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Lodging resistance is an important objective for soybean [Glycine max (L.) Merr.] breeding, but selection for this trait has been difficult since the resistance is controlled by multiple genes, and these genes interact with the environment. A total of 130 of 139 lines constituting a soybean genome-wide association study panel were phenotyped for stem pushing resistance, which is defined as the push-back strength when the plant stem is inclined, by measuring the force required to push a stem to a 45° angle using a force gauge in a greenhouse, and also for lodging, plant height, seed yield, and maturity at three locations in total in eastern Canada in 2013 or 2017. Two quantitative trait loci (QTLs) for pushing resistance were identified on chromosome 5 and 11, and each QTL accounted for 16.0% of phenotypic variation. In our panel, the alleles for higher pushing resistance were always of lower frequency than the alternate allele. Examining the panel at these QTLs identified that higher pushing resistance was associated with lower lodging on chromosomes 5 and 11, and that the difference for lodging between alleles was significant on chromosome 5. There was no difference in plant height or yield at the QTL on chromosomes 5 or 11, while higher pushing resistance was associated with later maturity at both QTLs. The pushing resistance QTL on chromosome 11 will be useful for decreasing lodging in Canadian short-season soybean.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,218
Score d'incertitude au seuil0,831

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2021
Routes d'admission3
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCanadian Journal of Plant ScienceMême sujetSoybean genetics and cultivationTravaux en français237 207