A SNP-Based Linkage Map and QTL Identification for Resistance to Yam Anthracnose Disease (YAD) in Water Yam (Dioscorea alata)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Yam anthracnose disease (YAD) caused by Colletotrichum gloeosporioides is the primary cause of yield loss in water yam (Dioscorea alata), the widely cultivated species of yam. Development of resistant cultivars have been a prime target for sustainable management of anthracnose in water yam. Molecular breeding tools are required to expedite the development of improved yam varieties. QTL analysis using high density genetic maps serve as a powerful tool to discover key locations of quantitave traits. This study aimed at tagging quantitative trait loci (QTL) for anthracnose disease resistance in a bi-parental mapping population of D. alata.Results: In this study, two contrasting parents for yam anthracnose disease reaction and their 204 full- sib offspring were used to develop a high-density genetic linkage map with 3,257 SNP markers by the GBS technique. The total length of the consensus map was 1460.94 cM with an average of 163 markers per chromosome. Four QTLs were detected for anthracnose disease resistance in 4 locations on 3 chromosomes. The proportion of phenotypic variance explained by these QTLs ranged from 10 to 13%. Plant defense response genes including GDSL-like Lipase/Acylhydrolase, Protein kinase domain and F-box protein were also detected within the QTL regions. Conclusion: The results from the present study provide valuable insight into the genetic architecture of anthracnose resistance in water yam. The candidate markers and putative genes identified herewith form a relevant resource to apply marker-assisted selection as alternative to a conventional labor-intensive screening for anthracnose resistance in water yam.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».