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Enregistrement W3132863042 · doi:10.1136/jmedgenet-2020-107627

Diagnostic criteria for constitutional mismatch repair deficiency (CMMRD): recommendations from the international consensus working group

2021· article· en· W3132863042 sur OpenAlexafffund
Melyssa Aronson, Chrystelle Colas, Andrew Y. Shuen, Heather Hampel, William D. Foulkes, Hagit Baris Feldman, Yael Goldberg, Martine Muleris, Kami Wolfe Schneider, Rose B. McGee, Kory Jasperson, Arun Rangaswami, Laurence Brugières, Uri Tabori

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGenetic factors in colorectal cancer
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversity of TorontoHospital for Sick ChildrenSickKids FoundationMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNational Cancer InstituteStand Up To CancerFondation Gustave Roussy
Mots-clésMedicinePMS2Lynch syndromeGenetic testingIntensive care medicineCancerDNA mismatch repairInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Constitutional mismatch repair deficiency syndrome (CMMRD) is the most aggressive cancer predisposition syndrome associated with multiorgan cancers, often presenting in childhood. There is variability in age and presentation of cancers and benign manifestations mimicking neurofibromatosis type 1. Genetic testing may not be informative and is complicated by pseudogenes associated with the most commonly associated gene, PMS2 . To date, no diagnostic criteria exist. Since surveillance and immune-based therapies are available, establishing a CMMRD diagnosis is key to improve survival. Methods In order to establish a robust diagnostic path, a multidisciplinary international working group, with representation from the two largest consortia (International Replication Repair Deficiency (IRRD) consortium and European Consortium Care for CMMRD (C4CMMRD)), was formed to establish diagnostic criteria based on expertise, literature review and consensus. Results The working group established seven diagnostic criteria for the diagnosis of CMMRD, including four definitive criteria (strong evidence) and three likely diagnostic criteria (moderate evidence). All criteria warrant CMMRD surveillance. The criteria incorporate germline mismatch repair results, ancillary tests and clinical manifestation to determine a diagnosis. Hallmark cancers for CMMRD were defined by the working group after extensive literature review and consultation with the IRRD and C4CMMRD consortia. Conclusions This position paper summarises the evidence and rationale to provide specific guidelines for CMMRD diagnosis, which necessitates appropriate surveillance and treatment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,043
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,079
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,043
Score d'incertitude au seuil0,227

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0430,079
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,005
Bibliométrie0,0170,007
Études des sciences et des technologies0,0020,003
Communication savante0,0040,003
Science ouverte0,0080,005
Intégrité de la recherche0,0080,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,062
Tête enseignante GPT0,356
Écart entre enseignants0,294 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations142
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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