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Enregistrement W3132939041 · doi:10.3389/fmed.2021.635035

Visualization and Analysis in the Field of Pan-Cancer Studies and Its Application in Breast Cancer Treatment

2021· article· en· W3132939041 sur OpenAlexaboutno aff
Xianwen Zhang, Han Lai, Fan Zhang, Yixi Wang, Li Zhang, Ni Yang, Chunrong Wang, Zheng Liang, Jieping Zeng, Jinrong Yang

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Medicine · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesState Administration of Traditional Chinese Medicine of the People's Republic of ChinaNational Natural Science Foundation of ChinaEducation Department of Sichuan ProvinceInnovative Research Group Project of the National Natural Science Foundation of China
Mots-clésBreast cancerCancerScopusOncologyComputational biologyBiologyInternal medicineMedicineMEDLINE

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Although all cancers are molecularly distinct, many share common driver mutations. Pan-cancer analysis, utilizes next-generation sequencing (NGS), pan-cancer model systems, and pan-cancer projects such as The Cancer Genome Atlas (TCGA), to assess frequently mutated genes and other genomic abnormalities that are common among many cancer types, regardless of the tumor origin, providing new directions for tumor biology research. However, there is currently no study that has objectively analyzed the results of pan-cancer studies on cancer biology. For this study, 999 articles on pan-cancer published from 2006 to 2020 were obtained from the Scopus database, and bibliometric methods were used to analyze citations, international cooperation, co-authorship and keyword co-occurrence clusters. Furthermore, we also focused on and summarized the application of pan-cancer in breast cancer. Our result shows that the pan-cancer studies were first published in 2006 and entered a period of rapid development after 2013. So far, 86 countries have carried out international cooperation in sharing research. Researchers form the United States and Canada have published the most articles and have made the most extensive contribution to this field, respectively. Through author keyword analysis of the 999 articles, TCGA, biomarkers, NGS, immunotherapy, DNA methylation, prognosis, and several other keywords appear frequently, and these terms are hot spots in pan-cancer studies. There are four subtypes of breast cancer (luminalA, luminalB, HER2, and basal-like) according to pan-cancer analysis of breast cancer. Meanwhile, it was found that breast cancer has genetic similarity to pan-gynecological cancers, such as ovarian cancer, which indicates related etiology and possibly similar treatments. Collectively, with the emergence of new detection methods, new cancer databases, and the involvement of more researchers, pan-cancer analyses will play a greater role in cancer biology research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,026
Score d'incertitude au seuil0,274

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,325
Écart entre enseignants0,315 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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