MicroRNAomes of Cattle Intestinal Tissues Revealed Possible miRNA Regulated Mechanisms Involved in Escherichia coli O157 Fecal Shedding
Notice bibliographique
Résumé
Cattle have been suggested as the primary reservoirs of E. coli O157 mainly as a result of colonization of the recto-anal junction (RAJ) and subsequent shedding into the environment. Although a recent study reported different gene expression at RAJ between super-shedders (SS) and non-shedders (NS), the regulatory mechanisms of altered gene expression is unknown. This study aimed to investigate whether bovine non-coding RNAs play a role in regulating the differentially expressed (DE) genes between SS and NS, thus further influencing E. coli O157 shedding behavior in the animals through studying miRNAomes of the whole gastrointestinal tract including duodenum, proximal jejunum, distal jejunum, cecum, spiral colon, descending colon and rectum. The number of miRNAs detected in each intestinal region ranged from 390 ± 13 (duodenum) to 413 ± 49 (descending colon). Comparison between SS and NS revealed the number of differentially expressed (DE) miRNAs ranged from one (in descending colon) to eight (in distal jejunum), and through the whole gut, seven miRNAs were up-regulated and seven were down-regulated in SS. The distal jejunum and rectum were the regions where the most DE miRNAs were identified (eight and seven, respectively). The miRNAs, bta-miR-378b, bta-miR-2284j, and bta-miR-2284d were down-regulated in both distal jejunum and rectum of SS (log2fold-change: −2.7 to −3.8), bta-miR-2887 was down-regulated in the rectum of SS (log2fold-change: −3.2), and bta-miR-211 and bta-miR-29d-3p were up-regulated in the rectum of SS (log2fold-change: 4.5 and 2.2). Functional analysis of these miRNAs indicated their potential regulatory role in host immune functions, including hematological system development and immune cell trafficking. Our findings suggest that altered expression of miRNA in the gut of SS may lead to differential regulation of immune functions involved in E. coli O157 super-shedding in cattle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».