Mitogenome analyses elucidate the evolutionary relationships of a probable Eocene wet tropics relic in the xerophilic lizard genus Acanthodactylus
Notice bibliographique
Résumé
Climate has a large impact on diversity and evolution of the world's biota. The Eocene-Oligocene transition from tropical climate to cooler, drier environments was accompanied by global species turnover. A large number of Old World lacertid lizard lineages have diversified after the Eocene-Oligocene boundary. One of the most speciose reptile genera in the arid Palearctic, Acanthodactylus, contains two sub-Saharan species with unresolved phylogenetic relationship and unknown climatic preferences. We here aim to understand how and when adaptation to arid conditions occurred in Acanthodactylus and when tropical habitats where entered. Using whole mitogenomes from fresh and archival DNA and published sequences we recovered a well-supported Acanthodactylus phylogeny and underpinned the timing of diversification with environmental niche analyses of the sub-Saharan species A. guineensis and A. boueti in comparison to all arid Acanthodactylus. We found that A. guineensis represents an old lineage that splits from a basal node in the Western clade, and A. boueti is a derived lineage and probably not its sister. Their long branches characterize them-and especially A. guineensis-as lineages that may have persisted for a long time without further diversification or have undergone multiple extinctions. Environmental niche models verified the occurrence of A. guineensis and A. boueti in hot humid environments different from the other 42 arid Acanthodactylus species. While A. guineensis probably remained in tropical habitat from periods prior to the Eocene-Oligocene boundary, A. boueti entered tropical environments independently at a later period. Our results provide an important baseline for studying adaptation and the transition from humid to arid environments in Lacertidae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».