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Enregistrement W3133562466 · doi:10.1101/2021.03.03.433751

Comparison of Chronic Wasting Disease Detection Methods and Procedures: Implications for Free-Ranging White-Tailed Deer ( <i>Odocoileus Virginianus</i> ) Surveillance and Management

2021· preprint· en· W3133562466 sur OpenAlexaboutno aff
Marc D. Schwabenlander, Gage R. Rowden, Manci Li, Kelsie LaSharr, Erik C. Hildebrand, Suzanne Stone, Davis Seelig, Chris S. Jennelle, Louis Cornicelli, Tiffany M. Wolf, Michelle Carstensen, Peter A. Larsen

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePrion Diseases and Protein Misfolding
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthUniversity of MinnesotaLegislative-Citizen Commission on Minnesota ResourcesMinnesota Department of Natural ResourcesAnimal and Plant Health Inspection ServiceColorado State UniversityU.S. Department of Agriculture
Mots-clésOdocoileusChronic wasting diseaseLymph nodePopulationBiologyMedicineVeterinary medicinePathologyZoologyDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Throughout North America, chronic wasting disease (CWD) has emerged as perhaps the greatest threat to wild cervid populations, including white-tailed deer ( Odocoileus virginianus ). White-tailed deer are the most sought after big game species across North America with populations of various subspecies in nearly all Canadian provinces, the contiguous USA, and Mexico. Documented CWD cases have dramatically increased across the white-tailed deer range since the mid-1990s, including in Minnesota. CWD surveillance in free-ranging white-tailed deer and other cervid populations mainly depends upon immunodetection methods (e.g., immunohistochemistry [IHC] and enzyme-linked immunosorbent assay [ELISA]) on medial retropharyngeal lymph nodes and obex. More recent technologies centered on prion protein amplification methods of detection have shown promise as more sensitive and rapid CWD diagnostic tools. Here, we used blinded samples to test the efficacy of real time quaking-induced conversion (RT-QuIC) in comparison to ELISA and IHC for screening tissues, blood, and feces collected in 2019 from white-tailed deer in southeastern Minnesota, where CWD has been routinely detected since 2016. Our results support previous findings that RT-QuIC is a more sensitive tool for CWD detection than current antibody-based methods. Additionally, a CWD testing protocol that includes multiple lymphoid tissues (medial retropharyngeal lymph node, parotid lymph node, and palatine tonsil) per animal may effectively identify a greater number of CWD detections in a white-tailed deer population than a single sample type (i.e., medial retropharyngeal lymph nodes). These results reveal that the variability of CWD pathogenesis, sampling protocol, and testing platform must be considered for the effective detection and management of CWD throughout North America.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,016
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,014
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,016
Score d'incertitude au seuil0,083

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0160,014
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,295
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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