A152 INVESTIGATING THE ROLE OF NOVEL NUDT15 VARIANT IN AZATHIOPRINE-RELATED MYELOTOXICITY
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Azathioprine (AZA), an immunosuppressant, has classically been used to treat patients with inflammatory bowel disease (IBD). AZA inhibits purine synthesis, and its metabolism occurs via a pathway involving thiopurine methyltransferase (TPMT). While standard TPMT genetic screening is conducted for IBD patients initiating AZA treatment to minimize adverse drug effects (ADE), a majority of patients experiencing ADE have wildtype TPMT. Another gene, NUDT15, has been found to be associated with AZA-related myelotoxicity Aims In this study we report two novel variants in NUDT15 and aim to evaluate the impact of NUDT15 variation on its gene expression. We hypothesize that the mutations found within novel NUDT15 variant are detrimental either to the gene’s expression levels or its translation process, resulting in a lower amount of NUDT15 product present and hence translating to AZA-related myelotoxicity observed clinically. Methods IBD patients experiencing AZA-related myelotoxicity were recruited for this study. Patients were then genotyped and the NUDT15 variants were replicated through site-directed mutagenesis. The NUDT15 variants were subsequently transformed into mammalian cell lines then E. coli cells. DNA products were isolated, and transcription levels were assessed through RT-PCR. Results Patient cohort consisted of 27 AZA-exposed IBD patients who developed myelotoxicity despite their TPMT wildtype genotype. Two novel NUDT15 variants were found. The mutation in one of the variants was placed in 3’ UTR, and hence further research was not pursued. Further analysis was conducted for the variant with mutation in coding region. RT-PCR was conducted to assess and compare gene transcription levels between wildtype and variant NUDT15. Wildtype NUDT15 had a relative gene expression level of 0.8x107, whereas variant NUDT15’s relative gene expression level was at 1.1x107. The two groups were not significantly different in terms of gene expression. Conclusions Contrary to our initial hypothesis, it appears that the mutation in the start codon for variant NUDT15 gene does not significantly impact its gene expression as compared to the wildtype gene. We are currently pursuing protein expression analysis studies to assess for translational deficits possibly present in the novel NUDT15 variant. Funding Agencies SRTP - Schulich School of Medicine
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».