MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3133580873 · doi:10.1093/jcag/gwab002.150

A152 INVESTIGATING THE ROLE OF NOVEL NUDT15 VARIANT IN AZATHIOPRINE-RELATED MYELOTOXICITY

2021· article· en· W3133580873 sur OpenAlexaff
Q Wang, Aze Wilson

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAcute Lymphoblastic Leukemia research
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésThiopurine methyltransferaseAzathioprineMedicineGeneGenotypePharmacogenomicsInflammatory bowel diseasePharmacogeneticsAdverse effectGeneticsBiologyDiseasePharmacologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Azathioprine (AZA), an immunosuppressant, has classically been used to treat patients with inflammatory bowel disease (IBD). AZA inhibits purine synthesis, and its metabolism occurs via a pathway involving thiopurine methyltransferase (TPMT). While standard TPMT genetic screening is conducted for IBD patients initiating AZA treatment to minimize adverse drug effects (ADE), a majority of patients experiencing ADE have wildtype TPMT. Another gene, NUDT15, has been found to be associated with AZA-related myelotoxicity Aims In this study we report two novel variants in NUDT15 and aim to evaluate the impact of NUDT15 variation on its gene expression. We hypothesize that the mutations found within novel NUDT15 variant are detrimental either to the gene’s expression levels or its translation process, resulting in a lower amount of NUDT15 product present and hence translating to AZA-related myelotoxicity observed clinically. Methods IBD patients experiencing AZA-related myelotoxicity were recruited for this study. Patients were then genotyped and the NUDT15 variants were replicated through site-directed mutagenesis. The NUDT15 variants were subsequently transformed into mammalian cell lines then E. coli cells. DNA products were isolated, and transcription levels were assessed through RT-PCR. Results Patient cohort consisted of 27 AZA-exposed IBD patients who developed myelotoxicity despite their TPMT wildtype genotype. Two novel NUDT15 variants were found. The mutation in one of the variants was placed in 3’ UTR, and hence further research was not pursued. Further analysis was conducted for the variant with mutation in coding region. RT-PCR was conducted to assess and compare gene transcription levels between wildtype and variant NUDT15. Wildtype NUDT15 had a relative gene expression level of 0.8x107, whereas variant NUDT15’s relative gene expression level was at 1.1x107. The two groups were not significantly different in terms of gene expression. Conclusions Contrary to our initial hypothesis, it appears that the mutation in the start codon for variant NUDT15 gene does not significantly impact its gene expression as compared to the wildtype gene. We are currently pursuing protein expression analysis studies to assess for translational deficits possibly present in the novel NUDT15 variant. Funding Agencies SRTP - Schulich School of Medicine

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of the Canadian Association of GastroenterologyMême sujetAcute Lymphoblastic Leukemia researchTravaux en français237 207