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Enregistrement W3133589908 · doi:10.1038/s41398-021-01213-0

1q21.1 distal copy number variants are associated with cerebral and cognitive alterations in humans

2021· article· en· W3133589908 sur OpenAlexafffund
Ida E. Sønderby, Clara Moreau, Tobias Kaufmann, G. Bragi Walters, Maria Ellegaard, Abdel Abdellaoui, David Ames, Katrin Amunts, Micael Andersson, Nicola J. Armstrong, Manon Bernard, Nicholas B. Blackburn, John Blangero, Dorret I. Boomsma, Henry Brodaty, Rachel M. Brouwer, Robin Bülow, Rune Bøen, Wiepke Cahn, Vince D. Calhoun, Svenja Caspers, Christopher R. K. Ching, Sven Cichon, Simone Ciufolini, Benedicto Crespo‐Facorro, Joanne E. Curran, Anders M. Dale, Shareefa Dalvie, Paola Dazzan, Eco J. C. de Geus, Greig I. de Zubicaray, Sonja M. C. de Zwarte, Sylvane Desrivières, Joanne Doherty, Gary Donohoe, Bogdan Draganski, Stefan Ehrlich, Else Eising, Thomas Espeseth, Kim Fejgin, Simon E. Fisher, Tormod Fladby, Oleksandr Frei, Vincent Frouin, Masaki Fukunaga, Thomas Gareau, Tian Ge, David C. Glahn, Hans J. Grabe, Nynke A. Groenewold, Ómar Gústafsson, Jan Haavik, Asta K. Håberg, Jérémy Hall, Ryota Hashimoto, Jayne Y. Hehir‐Kwa, Derrek P. Hibar, Manon H. J. Hillegers, Per Hoffmann, Laurena Holleran, Avram J. Holmes, Georg Homuth, Jouke‐Jan Hottenga, Hilleke E. Hulshoff Pol, Masashi Ikeda, Neda Jahanshad, Christiane Jockwitz, Stefan Johansson, Erik G. Jönsson, Niklas Rye Jørgensen, Masataka Kikuchi, Emma E. M. Knowles, Kuldeep Kumar, Stéphanie Le Hellard, Costin Leu, David E.J. Linden, Jingyu Liu, Arvid Lundervold, Astri J. Lundervold, Anne Maillard, Nicholas G. Martin, Sandra Martin‐Brevet, Karen A. Mather, Samuel R. Mathias, Katie L. McMahon, Allan F. McRae, Sarah E. Medland, Andreas Meyer‐Lindenberg, Torgeir Moberget, Claudia Modenato, Jennifer Monereo Sánchez, Derek W. Morris, Thomas W. Mühleisen, Robin Murray, Jacob Nielsen, Jan Egil Nordvik, Lars Nyberg, Loes M. Olde Loohuis, Roel A. Ophoff, Michael J. Owen, Tomáš Paus, Zdenka Pausová, Juan M. Peralta, G. Bruce Pike, Carlos Alberto Vanegas Prieto, Erin Burke Quinlan, Céline S. Reinbold, Tiago Reis Marques, James Rucker, Perminder S. Sachdev, Sigrid Botne Sando, Peter R. Schofield, Andrew J. Schork, Jean Shin, Elena Shumskaya, Ana Isabel Silva, Sanjay M. Sisodiya, Vidar M. Steen, Dan J. Stein, Lachlan T. Strike, Ikuo Suzuki, Christian K. Tamnes, Alexander Teumer, Anbupalam Thalamuthu, Diana Tordesillas‐Gutiérrez, Anne Uhlmann, Magnús Ö. Úlfarsson, Dennis van ‘t Ent, Marianne B. M. van den Bree, Pierre Vanderhaeghen, Evangelos Vassos, Wei Wen, Katharina Wittfeld, Margaret J. Wright, Ingrid Agartz, Srdjan Djurovic, Lars T. Westlye, Hreinn Stefánsson, Kāri Stefánsson, Sébastien Jacquemont, Paul M. Thompson, Ole A. Andreassen

Notice bibliographique

RevueTranslational Psychiatry · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomic variations and chromosomal abnormalities
Établissements canadiensUniversité de MontréalUniversity of CalgaryUniversity of TorontoHospital for Sick ChildrenHolland Bloorview Kids Rehabilitation HospitalInstitut Universitaire de Gériatrie de MontréalCentre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine
Organismes subventionnairesCilagFP7 People: Marie-Curie ActionsEuropean Social FundNational Institute on AgingNorwegian Institute of Public HealthNational Institute of Mental HealthHelse Sør-Øst RHFInstituto de Salud Carlos IIINational Health and Medical Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchStanley Center for Psychiatric Research, Broad InstituteNational Institutes of HealthMinistry of Cultural AffairsHeinz Nixdorf StiftungNorwegian Biodiversity Information CentreH. Lundbeck A/SMedical Research CouncilEpilepsy SocietySiemens HealthineersMission Interministérielle de Lutte Contre les Drogues et les Conduites AddictivesUniversity College London Hospitals NHS Foundation TrustUniversiteit AntwerpenFédération pour la Recherche sur le CerveauNorges ForskningsrådUniversitair Medisch Centrum GroningenJapan Society for the Promotion of ScienceAvera Institute for Human GeneticsUniversitetet i BergenFondation de FranceEU Joint Programme – Neurodegenerative Disease ResearchRivierduinenGGZ inGeestFonds Wetenschappelijk OnderzoekFonds De La Recherche Scientifique - FNRSInstitute of Psychiatry, Psychology and Neuroscience, King’s College LondonBundesministerium für Bildung und ForschungUniversiteit MaastrichtStockholms Läns LandstingNational Institute on Drug AbuseSouth London and Maudsley NHS Foundation TrustFondation pour la Recherche MédicaleBergens ForskningsstiftelseJapan Agency for Medical Research and DevelopmentSvenska Forskningsrådet FormasVetenskapsrådetUniversiteit UtrechtHelse Midt-NorgeNational Institute of Child Health and Human DevelopmentHersenstichtingEli Lilly and CompanyRadboud UniversiteitKoninklijke Nederlandse Akademie van WetenschappenAthinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging, Massachusetts General HospitalInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleEuropean Science FoundationNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekDeutsche ForschungsgemeinschaftNorges Teknisk-Naturvitenskapelige UniversitetBaily Thomas Charitable FundUniversität GreifswaldAgence Nationale de la RechercheGGZ FrieslandKing's College LondonU.S. Department of EnergyKarolinska InstitutetInternational Seafood Sustainability FoundationAXA Research FundMax Planck Instituut voor PsycholinguïstiekWellcome TrustUniversitetet i OsloFondation de l'Avenir pour la Recherche Médicale AppliquéeFP7 HealthWaterloo FoundationHarvard UniversityMassachusetts General HospitalScience Foundation IrelandZonMwCentre d'Imagerie BioMédicaleNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionEuropean CommissionAstraZenecaGGZ DrentheNational Institute for Health and Care ResearchFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésCopy-number variationGene duplicationCognitionEffects of sleep deprivation on cognitive performanceAutismSchizophrenia (object-oriented programming)Brain sizeNeuroscienceNeuroimagingMedicinePsychologyMagnetic resonance imagingPsychiatryBiologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Low-frequency 1q21.1 distal deletion and duplication copy number variant (CNV) carriers are predisposed to multiple neurodevelopmental disorders, including schizophrenia, autism and intellectual disability. Human carriers display a high prevalence of micro- and macrocephaly in deletion and duplication carriers, respectively. The underlying brain structural diversity remains largely unknown. We systematically called CNVs in 38 cohorts from the large-scale ENIGMA-CNV collaboration and the UK Biobank and identified 28 1q21.1 distal deletion and 22 duplication carriers and 37,088 non-carriers (48% male) derived from 15 distinct magnetic resonance imaging scanner sites. With standardized methods, we compared subcortical and cortical brain measures (all) and cognitive performance (UK Biobank only) between carrier groups also testing for mediation of brain structure on cognition. We identified positive dosage effects of copy number on intracranial volume (ICV) and total cortical surface area, with the largest effects in frontal and cingulate cortices, and negative dosage effects on caudate and hippocampal volumes. The carriers displayed distinct cognitive deficit profiles in cognitive tasks from the UK Biobank with intermediate decreases in duplication carriers and somewhat larger in deletion carriers-the latter potentially mediated by ICV or cortical surface area. These results shed light on pathobiological mechanisms of neurodevelopmental disorders, by demonstrating gene dose effect on specific brain structures and effect on cognitive function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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