Regulation of mating genes during arbuscular mycorrhizal isolate co-existence—where is the evidence?
Notice bibliographique
Résumé
A recent study published by Mateus et al. [1] claimed that 18 "mating-related" genes are differentially expressed in the model arbuscular mycorrhizal fungus (AMF) Rhizophagus irregularis when genetically distinct fungal strains co-colonize a host plant. To clarify the level of evidence for this interesting conclusion, we first aimed to validate the functional annotation of these 18 R. irregularis genes using orthology predictions. These analyses revealed that, although sequence relationship exists, only 2 of the claimed 18 R. irregularis mating genes are potential orthologues to validated fungal mating genes. We also investigated the RNA-seq data from Mateus et al. [1] using classical RNA-seq methods and statistics. This analysis found that the over-expression during strain co-existence was not significant at the typical cut-off of the R. irregularis strains DAOM197198 and B1 in plants. Overall, we do not find convincing evidence that the genes involved have functions in mating, or that they are reproducibly up or down regulated during co-existence in plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».