Investigation of a 22-gene genomic classifier (GC) for risk stratification and molecular subtyping in an Asian prostate cancer (PCa) cohort.
Notice bibliographique
Résumé
249 Background: A 22-gene GC has been proposed to refine risk stratification of localized PCa by conventional NCCN criteria, and this may potentially influence treatment recommendations. Nonetheless, majority of studies looking at the utility of GC were conducted in White and non-White men from Western cohorts. We therefore investigated the association of GC with NCCN risk groups (RG) in an Asian PCa cohort. Additionally, we examined for inter-racial differences in molecular subtyping between Asian and White/non-White PCa. Methods: GC (Decipher Biosciences Inc., CA) was performed on diagnostic biopsies of men who were treated with radiotherapy +/- hormonal therapy at a single institution (N = 75). ISUP Gleason’s grade (GG) and tumor cellularity were reviewed by an expert GU pathologist. RNA was extracted from 2 x 2.0-mm tumor cores using Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE Kit (Qiagen, Germany) and gene expression was performed on Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array (ThermoFischer, CA). PAM50 molecular subtyping was derived using the DecipherGRID database. Results: We profiled 80 tumors from 75 patients, comprising of 18 (24.0%), 9 (12.0%), 21 (28.0%), and 19 (25.3%) NCCN low-/favorable intermediate-, unfavorable intermediate-, high- and very high-RG, respectively; of note, 8 (10.7%) patients had regional/metastatic disease at diagnosis. Using the GC, 27 (33.8%), 14 (17.5%) and 39 (48.8%) were classified as low- (<0.45), intermediate- (0.45-0.6) and high-RG, respectively (>0.6). When stratified using a three-tier clinico-genomic (CG) classification system (Spratt et al. 2017), 6 of 21 (28.6%) NCCN-defined high-risk and 4 of 19 (21.1%) very high-risk patients were downgraded to CG-defined intermediate-/low-risk, while 2 of 27 (7.4%) NCCN low-/intermediate-risk patients were in fact upgraded to CG high-risk. Next, we interrogated the PAM50 basal-luminal signature in our cohort. Interestingly, when matched to White (N = 5762) and non-White (N = 155) for NCCN RG, ISUP GG and age, we observed a high proportion of basal subtype (62.7%) in Asians, which contrasted the prevalence observed in White (16.7%) and non-White (15.9%) North American patients (Chi-sq P <0.001). Conclusions: Here, we demonstrated the utility of the 22-gene GC for refining the NCCN risk stratification in a largest Asian PCa dataset to-date. An unexpectedly high proportion of PAM50 basal-subtype was observed, suggesting race-specific differences of the tumor transcriptome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».