Taxonomic and Enzymatic Characterization of Flocculibacter collagenilyticus gen. nov., sp. nov., a Novel Gammaproteobacterium With High Collagenase Production
Notice bibliographique
Résumé
Collagens from marine animals are an important component of marine organic nitrogen. Collagenase-producing bacteria and their collagenases play important roles in collagen degradation and organic nitrogen recycling in the ocean. However, only a few collagenase-producing marine bacteria have been so far discovered. Here, we reported the isolation and characterization of a collagenase-secreting bacterium, designated strain SM1988 T , isolated from a green alga Codium fragile sample. Strain SM1988 T is a Gram-negative, aerobic, oxidase-, and catalase-positive, unipolar flagellated, and rod-shaped bacterium capable of hydrolyzing casein, gelatin and collagens. Phylogenetic analysis revealed that strain SM1988 T formed a distinct phylogenetic lineage along with known genera within the family Pseudoalteromonadaceae , with 16S rRNA gene sequence similarity being less than 93.3% to all known species in the family. Based on the phylogenetic, genomic, chemotaxonomic and phenotypic data, strain SM1988 T was considered to represent a novel species in a novel genus in the family Pseudoalteromonadaceae , for which the name Flocculibacter collagenilyticus gen. nov., sp. nov. is proposed, with the type strain being SM1988 T (= MCCC 1K04279 T = KCTC 72761 T ). Strain SM1988 T showed a high production of extracellular collagenases, which had high activity against both bovine collagen and codfish collagen. Biochemical tests combined with genome and secretome analyses indicated that the collagenases secreted by strain SM1988 T are serine proteases from the MEROPS S8 family. These data suggest that strain SM1988 T acts as an important player in marine collagen degradation and recycling and may have a promising potential in collagen resource utilization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».