Genome-wide association study of resistance to Mycobacterium tuberculosis infection identifies a locus at 10q26.2 in three distinct populations
Notice bibliographique
Résumé
The natural history of tuberculosis (TB) is characterized by a large inter-individual outcome variability after exposure to Mycobacterium tuberculosis. Specifically, some highly exposed individuals remain resistant to M. tuberculosis infection, as inferred by tuberculin skin test (TST) or interferon-gamma release assays (IGRAs). We performed a genome-wide association study of resistance to M. tuberculosis infection in an endemic region of Southern Vietnam. We enrolled household contacts (HHC) of pulmonary TB cases and compared subjects who were negative for both TST and IGRA (n = 185) with infected individuals (n = 353) who were either positive for both TST and IGRA or had a diagnosis of TB. We found a genome-wide significant locus on chromosome 10q26.2 with a cluster of variants associated with strong protection against M. tuberculosis infection (OR = 0.42, 95%CI 0.35-0.49, P = 3.71×10-8, for the genotyped variant rs17155120). The locus was replicated in a French multi-ethnic HHC cohort and a familial admixed cohort from a hyper-endemic area of South Africa, with an overall OR for rs17155120 estimated at 0.50 (95%CI 0.45-0.55, P = 1.26×10-9). The variants are located in intronic regions and upstream of C10orf90, a tumor suppressor gene which encodes an ubiquitin ligase activating the transcription factor p53. In silico analysis showed that the protective alleles were associated with a decreased expression in monocytes of the nearby gene ADAM12 which could lead to an enhanced response of Th17 lymphocytes. Our results reveal a novel locus controlling resistance to M. tuberculosis infection across different populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».