Metabolome and Transcriptome Analyses Reveal the Regulatory Mechanisms of Photosynthesis in Developing Ginkgo biloba Leaves
Notice bibliographique
Résumé
Ginkgo (Ginkgo biloba L.) is a deciduous tree species with high timber, medicinal, ecological, ornamental, and scientific values, and is widely cultivated worldwide. However, for such an important tree species, the regulatory mechanisms involved in the photosynthesis of developing leaves remain largely unknown. Here, we observed variations in light response curves (LRCs) and photosynthetic parameters (photosynthetic capacity (Pnmax) and dark respiration rate (Rd)) of leaves across different developmental stages. We found the divergence in the abundance of compounds (such as 3-phospho-d-glyceroyl phosphate, sedoheptulose-1,7-bisphosphate, and malate) involved in photosynthetic carbon metabolism. Additionally, a co-expression network was constructed to reveal 242 correlations between transcription factors (TFs) and photosynthesis-related genes (p < 0.05, |r| > 0.8). We found that the genes involved in the photosynthetic light reaction pathway were regulated by multiple TFs, such as bHLH, WRKY, ARF, IDD, and TFIIIA. Our analysis allowed the identification of candidate genes that most likely regulate photosynthesis, primary carbon metabolism, and plant development and as such, provide a theoretical basis for improving the photosynthetic capacity and yield of ginkgo trees.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».