High Risk Clone: A Proposal of Criteria Adapted to the One Health Context with Application to Enterotoxigenic Escherichia coli in the Pig Population
Notice bibliographique
Résumé
The definition of a high risk clone for antibiotic resistance dissemination was initially established for human medicine. We propose a revised definition of a high risk clone adapted to the One Health context. Then, we applied our criteria to a cluster of enrofloxacin non susceptible ETEC:F4 isolates which emerged in 2013 in diseased pigs in Quebec. The whole genomes of 183 ETEC:F4 strains isolated in Quebec from 1990 to 2018 were sequenced. The presence of virulence and resistance genes and replicons was examined in 173 isolates. Maximum likelihood phylogenetic trees were constructed based on SNP data and clones were identified using a set of predefined criteria. The strains belonging to the clonal lineage ST100/O149:H10 isolated in Quebec in 2013 or later were compared to ETEC:F4 whole genome sequences available in GenBank. Prior to 2000, ETEC:F4 isolates from pigs in Quebec were mostly ST90 and belonged to several serotypes. After 2000, the isolates were mostly ST100/O149:H10. In this article, we demonstrated the presence of a ETEC:F4 high risk clone. This clone (1) emerged in 2013, (2) is multidrug resistant, (3) has a widespread distribution over North America and was able to persist several months on farms, and (4) possesses specific virulence genes. It is crucial to detect and characterize high risk clones in animal populations to increase our understanding of their emergence and their dissemination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,031 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,006 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».