N <sup>6</sup> -methyladenosine RNA modification regulates strawberry fruit ripening in an ABA-dependent manner
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Epigenetic marks, such as DNA methylation, play pivotal roles in regulating ripening of both climacteric and non-climacteric fruits. However, it remains unclear whether mRNA m 6 A methylation, the epitranscriptome, is functionally conserved for ripening control. Results Here we show that m 6 A methylation, which has been revealed to regulate ripening of tomato, a typical climacteric fruit, displays a dramatic change at ripening onset of strawberry, a classical non-climacteric fruit. The m 6 A modification in the coding sequence (CDS) regions appears to be ripening-specific and tends to stabilize the mRNAs, whereas m 6 A around the stop codons and within the 3’ untranslated regions is generally negatively correlated with the abundance of the mRNAs. We identified thousands of transcripts with m 6 A hypermethylation in the CDS regions, including those of NCED5 , ABAR , and AREB1 in the abscisic acid (ABA) biosynthesis and signaling pathway. We demonstrated that the methyltransferases MTA and MTB are indispensable for normal ripening of strawberry fruit, and MTA-mediated m 6 A modification promotes mRNA stability of NCED5 and AREB1 , while facilitates translation of ABAR . Conclusion Our findings uncover that m 6 A methylation regulates ripening of non-climacteric strawberry fruit by targeting ABA pathway, which is distinct from that in climacteric tomato fruit.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».