Comprehensive genomic profiling of matched primary prostate cancer tissue and cell-free DNA (cfDNA) to assess ontogeny of BRCA1/BRCA2 mutations.
Notice bibliographique
Résumé
166 Background: Both olaparib and rucaparib have recently been approved for the treatment of metastatic castration resistant prostate cancer (mCRPC) with BRCA1/2 mutations (BRCAm). In the PROFOUND trial, 36.9% of men had either no tissue or tissue that was inadequate for genomic profiling (PMID: 32343890). A recent report suggests BRCAm may be an early event in the evolution of prostate cancer (PMID: 29662167). This suggests comprehensive genomic profiling (CGP) of primary prostate tissue may suffice to guide treatment selection, even years after tissue collection. Herein, we investigate the ontogeny of BRCAm by comparing CGP of matched primary prostate cancer tissue to CGP of cfDNA. Methods: Eligibility criteria included men diagnosed with metastatic prostate cancer that had matched CGP of both primary prostate cancer tissue and cfDNA. Genomic profiling was performed by CLIA certified laboratories. Only somatic mutations detectable by both platforms were used for concordance analysis. Results: We identified 198 patients that had matched CGP of primary prostate tissue and cfDNA. Thirteen men had a pathogenic BRCAm in at least one test. Of these 13 positive test for BRCAm, 2 were rearrangements, 1 copy number loss, and 5 were germline mutations. Both platforms tend to filter out germline alterations therefore, they were not included in the estimation of concordance. Overall somatic BRCAm concordance between primary prostate tissue and cfDNA was 196/198 (98%). Notably, no new BRCAm were identified in cfDNA with a median difference of 23.62 (0.1 - 232.2) months between prostate cancer tissue and cfDNA collection. Conclusions: There were no BRCAm detected only in cfDNA, suggesting that BRCAm is an early event in the ontogeny of prostate cancer. Based on this, it is unlikely that delaying sequencing would benefit patients with advanced prostate cancer. In the event that tissue is unavailable or inadequate for CGP, profiling of cfDNA is a valuable alternative for detection of BRCAm.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».