Isolation of plant nuclei for estimation of nuclear DNA content: Overview and best practices
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Notice bibliographique
Résumé
A critical aspect for obtaining accurate, reliable, and high-resolution estimates of nuclear DNA content is the release of nuclei from the cytoplasm in sufficient amounts, while maintaining their integrity throughout the analysis, protecting their DNA from degradation by endonucleases, and enabling stoichiometric DNA staining. In embryophytes, the most common method consists of chopping the plant material with a sharp razor blade to release nuclei into an isolation buffer, filtering the homogenate, and staining the nuclei in buffered suspension with a fluorochrome of choice. Despite the recent description of alternative approaches to isolate nuclei, the chopping procedure remains the most widely adopted method, due to its simplicity, rapidity, and effectiveness. In this review article, we discuss the specifics of nuclei isolation buffers and the distorting effects that secondary metabolites may have in nuclear suspensions and how to test them. We also present alternatives to the chopping procedure, options for filtering and fluorochromes, and discuss the applications of these varied approaches. A summary of the best practices regarding the isolation of plant nuclei for the estimation of nuclear DNA content is also provided.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle