Contribution of epigenetic changes to escape from X-chromosome inactivation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background X-chromosome inactivation (XCI) is the epigenetic inactivation of one of two X chromosomes in XX eutherian mammals. The facultatively heterochromatic inactive X chromosome acquires many chromatin changes including DNA methylation and histone modifications. Despite these changes, some genes escape or variably escape from inactivation, and to the extent that they have been studied, epigenetic marks correlate with expression. Results We downloaded data from the International Human Epigenome Consortium and compared previous XCI status calls to DNA methylation, H3K4me1, H3K4me3, H3K9me3, H3K27ac, H3K27me3 and H3K36me3. At genes subject to XCI we found heterochromatic marks enriched, and euchromatic marks depleted on the inactive X when compared to the active X. Similar results were seen for genes escaping XCI although with diminished effect with H3K27me3 being most enriched. Using sample-specific XCI status calls made using allelic expression or DNA methylation we also compared differences between samples with opposite XCI statuses at variably escaping genes. We found some marks significantly differed with XCI status, but which marks were significant was not consistent between genes. We trained a model to predict XCI status from these epigenetic marks and obtained over 75% accuracy for genes escaping and over 90% for genes subject to XCI. This model allowed us to make novel XCI status calls for genes without allelic differences or CpG islands required for other XCI status calling methods. Using these calls to examine a domain of variably escaping genes, we saw XCI status vary at the level of individual genes and not at the domain level. Conclusion Here we show that epigenetic marks differ between genes that are escaping and those subject to XCI, and that genes escaping XCI still differ between the active and inactive Xs. We show epigenetic differences at variably escaping genes, between samples escaping and those subject to XCI. Lastly we show gene-level regulation of variably escaping genes within a domain.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».