Genomic mechanisms underlying migration timing and population differentiation across North America in a long-distance migratory songbird
Notice bibliographique
Résumé
Understanding adaptive potential in migratory animals is important for anticipating population responses to rapid environmental changes. Because shifts in spring phenology can disrupt synchrony between individuals’ movements and seasonal resources, it is crucial to examine mechanisms underlying migration timing and population genomics in vulnerable migratory species. In this thesis, I used the purple martin (Progne subis), a long-distance migratory songbird, as a model species to address the following objectives: 1) identify genomic regions underlying migration timing and corresponding to spring phenology, and 2) examine population structure across four North American breeding colonies and relate patterns of differentiation to natal dispersal. Using next-generation sequencing, I assembled a new draft reference genome and whole-genome data for 93 individuals. I then integrated genomic variation, direct migration timing data, first bloom dates, and continent-wide band encounter records. I recorded a high heritability in migration timing, demonstrating a strong genetic basis in this trait. I also identified loci associated with spring and fall migration near multiple genes, such as MEF2D and CRY1, which could play an important role in photoreception and circadian rhythms. Additionally, I found that timing of first bloom was associated with a high proportion of genomic variance and loci of polygenic effect. Although overall population differentiation was low, I documented isolation-by-distance and greatest distinction between the most northern (Alberta) and more southern colonies. Patterns of differentiation were consistent with observations of greater longitudinal than latitudinal movement in natal dispersal. Overall, my results advance our understanding of migration genomics by demonstrating a novel connection between genomic variation and direct migration timing phenotypes in a long-distance migratory songbird, while the new reference genome provides a foundation for purple martin genomic research. The population structure and latitudinal patterns of differentiation I identified can inform conservation management of this species through delineation of distinct groups between northern and more southern breeding populations. Together, the strong genomic influences on migration timing and spatial limitations on latitudinal gene flow in the purple martin can be used as a framework to describe potential constraints on adaptability in changing climates.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».