Development of a computable phenotype to identify a transgender sample for health research purposes: a feasibility study in a large linked provincial healthcare administrative cohort in British Columbia, Canada
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Innovative methods are needed for identification of transgender people in administrative records for health research purposes. This study investigated the feasibility of using transgender-specific healthcare utilisation in a Canadian population-based health records database to develop a computable phenotype (CP) and identify the proportion of transgender people within the HIV-positive population as a public health priority. DESIGN: The Comparative Outcomes and Service Utilization Trends (COAST) Study cohort comprises a data linkage between two provincial data sources: The British Columbia (BC) Centre for Excellence in HIV/AIDS Drug Treatment Program, which coordinates HIV treatment dispensation across BC and Population Data BC, a provincial data repository holding individual, longitudinal data for all BC residents (1996-2013). SETTING: British Columbia, Canada. PARTICIPANTS: COAST participants include 13 907 BC residents living with HIV (≥19 years of age) and a 10% random sample comparison group of the HIV-negative general population (514 952 individuals). PRIMARY AND SECONDARY OUTCOME MEASURES: Healthcare records were used to identify transgender people via a CP algorithm (diagnosis codes+androgen blocker/hormone prescriptions), to examine related diagnoses and prescription concordance and to validate the CP using an independent provider-reported transgender status measure. Demographics and chronic illness burden were also characterised for the transgender sample. RESULTS: The best-performing CP identified 137 HIV-negative and 51 HIV-positive transgender people (total 188). In validity analyses, the best-performing CP had low sensitivity (27.5%, 95% CI: 17.8% to 39.8%), high specificity (99.8%, 95% CI: 99.6% to 99.8%), low agreement using Kappa statistics (0.3, 95% CI: 0.2 to 0.5) and moderate positive predictive value (43.2%, 95% CI: 28.7% to 58.9%). There was high concordance between exogenous sex hormone use and transgender-specific diagnoses. CONCLUSIONS: The development of a validated CP opens up new opportunities for identifying transgender people for inclusion in population-based health research using administrative health data, and offers the potential for much-needed and heretofore unavailable evidence on health status, including HIV status, and the healthcare use and needs of transgender people.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».