Detecting the brook floater, a freshwater mussel species at risk, using environmental DNA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The use of environmental DNA (eDNA) is a promising approach for the detection of aquatic species, including species at risk. One freshwater mussel species of interest in Atlantic Canada, the brook floater (Alasmidonta varicosa), is listed as being of Special Concern under theSpecies at Risk Actin Canada and as Vulnerable on the International Union for Conservation of Nature Red List. Further scientific data regarding species distribution and critical habitat is needed for the protection and conservation of this species. The aim of this study was to design, optimize, and apply a species‐specific quantitative polymerase chain reaction assay for the detection of brook floater from eDNA samples, and to assess temporal variability in brook floater eDNA quantities. Through an eDNA survey performed in New Brunswick rivers in 2017 and 2018, brook floater DNA was found at a total of 16 out of 56 sites sampled. The amount of brook floater DNA detected at all 16 sites was always below the theoretical limit of detection of the assay, and, as such, results were classified as either ‘inconclusive’ or ‘suspected’. The co‐detection of eastern pearlshell (Margaritifera margaritifera), a more abundant freshwater mussel species in Atlantic Canada, was successfully used as a natural positive control. Temporal variability in the amount of eDNA found in the water was also assessed at a site with a known brook floater population and minimal variability in eDNA quantities was observed from May to September. These results provide researchers and managers with a new tool for the detection of the brook floater in support of conservation and monitoring efforts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».