Ανάπτυξη και εφαρμογή μεθοδολογιών για την ανάλυση και την οπτικοποίηση ομικών δεδομένων που αφορούν στην κυτταρική γήρανση και το μεταβολικό σύνδρομο
Notice bibliographique
Résumé
Τα τελευταία χρόνια, ραγδαίες τεχνολογικές εξελίξεις έχουν διαμορφώσει πειραματικές και υπολογιστικές μετρητικές τεχνολογίες υψηλής απόδοσης με συνακόλουθη συγκέντρωση μεγάλου όγκου πολύτιμων πειραματικών δεδομένων μεγάλης διαστασιμότητας, προερχόμενων από διαφορετικά ιεραρχικά επίπεδα βιολογικής οργάνωσης. Νέες ομικές τεχνολογίες υψηλής απόδοσης στο επίπεδο της γονιδιωματικής, της μεταγραφομικής, της πρωτεομικής και της μεταβολομικής ανάλυσης παρέχουν τη δυνατότητα για λεπτομερή λειτουργική ανάλυση των μοριακών μονοπατιών που εμπλέκονται στα διαφορετικά βιολογικά φαινόμενα και σε επάλληλα οργανωσιακά επίπεδα μοριακής περιγραφής, για τον προσδιορισμό των βιολογικών δικτύων που αλλάζουν. Οι προκλήσεις που εισηγείται η συνθετική ερμηνεία των ροών πληροφορίας που συνθέτουν την φαινοτυπική περιγραφή, αναδεικνύουν τα ελλείματα και περιορισμούς της αποσπασματικής μελέτης αυτών των μηχανισμών. Στόχο της συστημικής βιολογίας αποτελεί η σύνθεση της πληροφορίας που προέρχεται από διαφορετικά πειράματα σε διαφορετικά επίπεδα οργάνωσης, για να επιτευχθεί η ολιστική κατανόηση πολύπλοκων φαινομένων, που προκαλούνται από την επίδραση διαφορετικών αλλαγών του βιολογικού συστήματος, οι οποίες βρίσκονται σε αλληλεπίδραση μεταξύ τους. Στο πρώτο μέρος της παρούσας διατριβής αναπτύχθηκε μια μεθοδολογία ανάλυσης μεταγραφικών δεδομένων, με στόχο τη δημιουργία και τη σύγκριση μοντέλων της γονιδιακής έκφρασης και της κυτταρικής σηματοδότησης κατά την αναδιπλασιαστική κυτταρική γήρανση και την πρόωρη κυτταρική γήρανση λόγω πρωτεασωμικής αναστολής σε πρωτογενή καλλιέργεια ανθρώπινων ινοβλαστών. Ο πειραματικός σχεδιασμός περιλάμβανε περισσότερα χρονικά σημεία μεταξύ των νεαρών και των γηρασμένων κυττάρων σε σχέση με αυτά που είναι διαθέσιμα στην υπάρχουσα βιβλιογραφία για να μελετηθούν πιο αναλυτικά τα διαφορετικά στάδια εξέλιξης του φαινομένου της κυτταρικής γήρανσης. Αναδείχθηκαν, κοινά ή μοναδικά γονίδια και μονοπάτια που επηρεάζονται στα διαφορετικά στάδια και τύπους κυτταρικής γήρανσης. Η κυτταρική γήρανση σχετίζεται με τη βιολογική γήρανση των οργανισμών και έχει συσχετιστεί με την εκδήλωση ενός ευρύτατου φάσματος ασθενειών και παθήσεων, μεταξύ των οποίων βρίσκονται τα καρδιαγγειακά και τα μεταβολικά νοσήματα, όπως η παχυσαρκία και ο διαβήτης τύπου 2. Στο δεύτερο μέρος της διατριβής, η μεθοδολογία ανάλυσης συνδυάστηκε με μια αλγοριθμική ροή γονιδιωματικής και μεταγραφομικής ανάλυσης, με αξιοποίηση της τεχνολογίας εγκιβωτισμού Docker. Η αλγοριθμική ροή εφαρμόστηκε σε δεδομένα εμφάνισης μεταβολικού συνδρόμου μετά από έκθεση σε δίαιτα πλούσια σε λιπαρά στην Collaborative Cross (CC) σειρά ποντικιών, η οποία αποτελεί ένα πολυγονικό γενετικό πάνελ αναφοράς (genetic reference panel, GRP) ανασυνδυασμένων ομόμεικτων σειρών ποντικιών (recombinant inbred lines, RIL) που προέρχονται από οχτώ διαφορετικές ιδρυτικές προγονικές σειρές. Το CC πάνελ αποτελεί έναν πειραματικό πληθυσμό που έχει αναπτυχθεί για την ανάλυση γενετικών μηχανισμών προδιάθεσης σε σύνθετα γνωρίσματα, όπως το μεταβολικό σύνδρομο. Δίνει τη δυνατότητα χαρτογράφησης γονιδιακών τόπων ποσοτικών φαινοτύπων (quantitative trait loci, QTL) που εμπλέκονται στην προδιάθεση ή την αντίσταση στο γνώρισμα με υψηλή ακρίβεια και έχει λειτουργήσει καταλυτικά για την ανάπτυξη πληθώρας βιοπληροφορικών εργαλείων. Τα QTL αποτελέσματα ενισχύθηκαν μέσω της σύνθεσης δεδομένων αλληλούχισης RNA για την ταυτοποίηση διαφορών στη γονιδιακή έκφραση μεταξύ των διαφορετικών ομάδων. Αναδείχθηκαν διαφορετικά μονοπάτια και γονίδια που επηρεάζουν τη προδιάθεση και την εκδήλωση παχυσαρκίας στα δύο φύλα.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,005 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,093 | 0,030 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».