Epitope-resolved serology test differentiates the clinical outcome of COVID-19 and identifies defects in antibody response in SARS-CoV-2 variants
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND The role of humoral immunity in the coronavirus disease 2019 (COVID-19) is not fully understood owing, in large part, to the complexity of antibodies produced in response to the SARS-CoV-2 infection. There is a pressing need for serology tests to assess patient-specific antibody response and predict clinical outcome. METHODS Using SARS-CoV-2 proteome and peptide microarrays, we screened 146 COVID-19 patients plasma samples to identify antigens and epitopes. This enabled us to develop a master epitope array and an epitope-specific agglutination assay to gauge antibody responses systematically and with high resolution. RESULTS We identified 54 linear epitopes from the Spike (S) and Nucleocapsid (N) protein and showed that epitopes enabled higher resolution antibody profiling than protein antigens. Specifically, we found that antibody responses to the S(811-825), S(881-895) and N(156-170) epitopes negatively or positively correlated with clinical severity or patient survival. Moreover, we found that the P681H and S235F mutations associated with the coronavirus variant B.1.1.7 altered the specificity of the corresponding epitopes. CONCLUSIONS Epitope-resolved antibody testing not only offers a high-resolution alternative to conventional immunoassays to delineate the complex humoral immunity to SARS-CoV-2 and differentiate between neutralizing and non-neutralizing antibodies, it may also be used as predictor of clinical outcome. The epitope peptides can be readily modified to detect antibodies against variants in both the peptide array and latex agglutination formats. FUNDING Ontario Research Fund (ORF)-COVID-19 Rapid Research Fund, the Toronto COVID-19 Action Fund, Western University, the Lawson Health Research Institute, the London Health Sciences Foundation, and the AMOSO Innovation Fund.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».