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Enregistrement W3137414446 · doi:10.1101/2021.03.17.435915

The SAGA and NuA4 component Tra1 regulates <i>Candida albicans</i> drug resistance and pathogenesis

2021· preprint· en· W3137414446 sur OpenAlexaff
Iqra Razzaq, Matthew D. Berg, Yuwei Jiang, Julie Genereaux, Deeva Uthayakumar, Grace H. Kim, Christopher J. Brandl, Patrick Lajoie, Rebecca S. Shapiro

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntifungal resistance and susceptibility
Établissements canadiensWestern UniversityUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyCandida albicansTranscriptomeCaspofunginGlutamine amidotransferaseCorpus albicansMicrobiologyGeneticsGeneGene expressionGlutamineAmphotericin B

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Candida albicans is the most common cause of death from fungal infections. Emergence of resistant strains reducing the efficacy of first line therapy with echinocandins such as caspofungin calls for the identification of alternative therapeutic strategies. Tra1 is an essential component of the SAGA and NuA4 transcriptional co-activator complexes. As a PIKK family member, Tra1 is characterized by a C-terminal phosphoinositide 3-kinase domain. In Saccharomyces cerevisiae, the assembly and function of SAGA and NuA4 is compromised by a version of Tra1 (Tra1 Q3 ) with three arginine residues in the putative ATP-binding cleft changed to glutamine, Whole transcriptome analysis of the S. cerevisiae tra1 Q3 strain highlights Tra1’s role in global transcription, stress response and cell wall integrity. As a result, tra1 Q3 increases susceptibility to multiple stressors, including caspofungin. Moreover, the same tra1 Q3 allele in the pathogenic yeast Candida albicans causes similar phenotypes, suggesting that Tra1 broadly mediates the antifungal response across yeast species. Transcriptional profiling in C. albicans identified 68 genes that were differentially expressed when the tra1 Q3 strain was treated with caspofungin, as compared to gene expression changes induced by either tra1 Q3 or caspofungin alone. Included in this set were genes involved in cell wall maintenance, adhesion and filamentous growth. Indeed, the tra1 Q3 allele reduces filamentation and other pathogenesis traits in C. albicans . We identified EVP1 , which encodes a putative plasma membrane protein, amongst the Tra1-regulated genes, Disrupting EVP1 results in reduced filamentation and infection capacity in C. albicans . Thus,Tra1 emerges as a promising therapeutic target for fungal infections. Importance Fungal pathogens such as Candida albicans are important agents of infectious disease, with increasing rates of drug resistance, and limited available antifungal therapeutics. In this study, we characterize the role of C. albicans Tra1, a critical component of acetyltransferase complexes, involved in transcriptional regulation and responses to environmental stress. We find C. albicans genetic mutants with impaired Tra1 function have reduced tolerance to cell-wall targeting stressors, including the clinically-important antifungal caspofungin. We further use RNA-sequencing to profile the global fungal response to the tra1 mutation, and identify a previously uncharacterized C. albicans gene, EVP1 . We find that both TRA1 and EVP1 play an important role in phenotypes associated with fungal pathogenesis, including cellular morphogenesis, biofilm formation, and toxicity towards host immune cells. Together, this work describes the key role for Tra1 in regulating fungal drug tolerance and pathogenesis, and positions this protein as a promising therapeutic target for fungal infections.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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