Needle in a haystack: Looking for tuberculosis in a low-incidence setting
Notice bibliographique
Résumé
Background: Canada is a low-incidence country for tuberculosis (TB). The BC Public Health Laboratory diagnostic algorithm for pulmonary TB includes acid fast bacilli (AFB) smear and mycobacterial culture of all submitted sputa. TB nucleic acid amplification testing (NAT) is routinely performed on AFB-smear-positive (AFB+) sputa only. We assessed the laboratory-associated costs of implementing the international recommendations for TB NAT on AFB-smear-negative (AFB-) sputa. Methods: Two data sets were obtained: (1) all AFB- samples for a 3-year period (October 1, 2014-September 30, 2017) and (2) all AFB-, TB-culture-positive samples for the same period. One AFB- sample/patient from each defined diagnostic set of sputa was deemed eligible for TB NAT. To stratify patients by ordering location, a 1-year subset of data (October 1, 2016-September 30, 2017) was examined. Results: In the 3-year period, 0.7% of all diagnostic sets were AFB- and culture-positive. In the 1-year period, the provincial TB Services clinics submitted 26% of all AFB- samples received, but these constituted 78% of AFB-, culture-positive samples. Conclusions: The annual cost of TB NAT on one AFB- sputum sample from each eligible diagnostic set would total approximately $247,000. Targeting only TB Services clinic patients would reduce this cost to approximately $64,000/year while capturing more than 75% of AFB-, culture-positive patients. On the basis of our provincial positivity rate, it would cost approximately $6,000 to provide an early TB diagnosis for an AFB-, culture-positive patient. The cost-effectiveness to public health of this approach in a TB low-incidence setting needs to be carefully evaluated.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».