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Enregistrement W3138124374 · doi:10.1101/2021.03.16.435724

Identification of anthracnose ( <i>Colletotrichum lentis</i> ) race 1 resistance loci in lentil by integrating linkage mapping and a genome-wide association study

2021· preprint· en· W3138124374 sur OpenAlexafffundabout
Tadesse S. Gela, Larissa Ramsay, Teketel A. Haile, Albert Vandenberg, Kirstin E. Bett

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueGenetic and Environmental Crop Studies
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaSaskatchewan Pulse GrowersWestern Grains Research FoundationUniversity of SaskatchewanGenome Canada
Mots-clésBiologyQuantitative trait locusIntrogressionGeneticsGenome-wide association studySingle-nucleotide polymorphismCandidate geneGenetic linkagePlant disease resistanceMarker-assisted selectionGeneGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Anthracnose, caused by Colletotrichum lentis , is a devastating disease of lentil in Western Canada. Growing resistant lentil cultivars is the most cost-effective and environmentally friendly approach to prevent seed yield losses that can exceed 70%. To identify loci conferring resistance to anthracnose race 1 in lentil, biparental quantitative trait loci (QTL) mapping of two recombinant inbred line (RIL) populations was integrated with a genome-wide association study (GWAS) using 200 diverse lentil accessions from a lentil diversity panel (LDP). A major-effect QTL ( qAnt 1. Lc -3) conferring resistance to race 1 was mapped to lentil chromosome 3 and co-located on the lentil physical map for both RIL populations. Clusters of candidate nucleotide binding-leucine-rich repeats (NB-LRR) and other defense-related genes were uncovered within the QTL region. A GWAS detected 14 significant SNP markers associated with race 1 resistance on chromosomes 3, 4, 5, and 6. The most significant GWAS SNPs on chromosome 3 supported qAnt 1. Lc -3 and delineated a region of 1.6 Mb containing candidate resistance genes. The identified SNP markers can be directly applied in marker-assisted selection to accelerate the introgression of race 1 resistance in lentil breeding.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,607
Score d'incertitude au seuil0,829

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,189
Écart entre enseignants0,180 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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