Simultaneous Isolation of Total RNA, DNA, and Protein Using Samples Obtained by EBUS-TBNA
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: : Samples obtained by endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration (EBUS-TBNA) have been shown to be useful for molecular analysis. METHODS: : The purpose of this study was to evaluate the feasibility of simultaneous isolation of DNA, RNA, and protein using EBUS-TBNA samples. We extracted DNA, RNA, and protein from 59 archived samples obtained by EBUS-TBNA. All samples were mixed with DNA, RNA, and protein-protective solution immediately after taking the biopsy and stored in -80°C for at least 1 year (range, 12 to 30 mo). We used QIAzol Lysis Reagent for the sequential isolation of total RNA, DNA, and protein. The concentration of RNA and DNA was measured and the quality of RNA was evaluated. The concentration of protein was measured using the Bradford protein assay. RESULTS: : Total RNA was successfully isolated in all 59 samples. DNA was isolated in 58 of 59 (98.3%) samples and protein was isolated in 57 of 59 (96.6%) samples. On average, 7.18 μg of total RNA, 7.79 μg of DNA, and 3.96 mg of protein were isolated. RNA integrity number (RIN) was measured in 32 samples and the average RIN number was 6.2 (range, 2.7 to 7.3). Twenty of 32 total RNA samples (62.5%) showed a RIN of >6. CONCLUSIONS: : DNA, RNA, and protein can simultaneously be isolated from archived samples obtained by EBUS-TBNA. This method facilitates direct comparisons of alterations in the genome, transcriptome, and proteome within metastatic lymph nodes through a minimally invasive approach.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».