N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes
Notice bibliographique
Résumé
N-Glycosylation is a fundamental protein modification found in both eukaryotes and archaea. Despite lacking N-glycans, many commensal and pathogenic bacteria have developed mechanisms to degrade these isoforms for a variety of functions, including nutrient acquisition and evasion of the immune system. Although much is known about many of the enzymes responsible for N-glycan degradation, the enzymes involved in cleaving the N-glycan core have only recently been discovered. Thus, some of the structural details have yet to be characterized, and little is known about their full distribution among bacterial strains and specifically within potential Gram-positive polysaccharide utilization loci. Here, we report crystal structures for Family 5, Subfamily 18 (GH5_18) glycoside hydrolases from the gut bacterium Bifidobacterium longum (BlGH5_18) and the soil bacterium Streptomyces cattleya (ScGH5_18), which hydrolyze the core Manβ1–4GlcNAc disaccharide. Structures of these enzymes in complex with Manβ1–4GlcNAc reveal a more complete picture of the −1 subsite. They also show that a C-terminal active site cap present in BlGH5_18 is absent in ScGH5_18. Although this C-terminal cap is not widely distributed throughout the GH5_18 family, it is important for full enzyme activity. In addition, we show that GH5_18 enzymes are found in Gram-positive polysaccharide utilization loci that share common genes, likely dedicated to importing and degrading N-glycan core structures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».