Association of SNP in the CCL2, IL8, CCR2, and CXCR1 genes with health and production traits in Canadian Holsteins
Notice bibliographique
Résumé
Chemokines and their receptors contribute to leukocyte trafficking to the mammary gland, and may play an important role in the host immune response during acute and chronic intramammary infections. Therefore, identification of SNP in coding and regulatory sequences from chemokine genes is fundamental for understanding chemokine function and gene expression in response to infectious diseases. The aim of this study was to identify the presence of SNP in chemokine and chemokine receptor genes and their 5' regulatory regions, to assess their potential contribution to variation in estimated breeding values (EBV) for somatic cell score (SCS) and production traits of Holstein bulls. A DNA pool was constructed for SNP detection by sequencing using equal amounts of DNA from bulls with high (H) and low (L) EBV for SCS. Using this approach, we were able to detect SNP with a frequency as low as 1%, and 16 SNP in various chemokines and chemokines receptor genes. The SNP in 'CCL2' (n = 2), 'CXCL8' (n = 5), 'CXCR1' (n = 4) and ' CCR2' (n = 1) were genotyped in Canadian Holstein bulls (n = 338) using Tetra Primer ARMS-PCR. Average allele substitution effects were estimated to investigate associations between the 12 SNP and EBV for SCS and production traits. The SNP 'CXCR1c.-1768T>A' was found the most significantly associated with EBV for SCS in the first ('P' = 0.019) and second ('P' = 0.035) lactations at comparison-wise level, and across all lactations ('P' = 0.007) at experimental-wise level. Given the location of SNP 'CXCR1c.-1768T>A,' it may be implicated in gene regulation. To test this hypothesis, we evaluated the impact of ' CXCR1c.-1768T>A' SNP on 'CXCR1' expression by quantitative real-time PCR. Neutrophils were isolated from whole blood challenged with lipopolysaccharide (LPS) from cows with genotypes (AA n = 4, AT n = 5, and TT n = 5) at 0, 3 and 5h post 'in vitro' challenge. ' CXCR1' expression was significantly different in cows with the AA genotype, when compared to the AT and TT genotypes. Further analysis of the associtation between 'CXCR1c.'-1768T>A SNP and SCS is warranted before this genetic marker can be implemented in a selective breeding program.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».