Metagenomic sequencing of municipal wastewater provides a near-complete SARS-CoV-2 genome sequence identified as the B.1.1.7 variant of concern from a Canadian municipality concurrent with an outbreak
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Laboratory-based wastewater surveillance for SARS-CoV-2, the causative agent of the ongoing COVID-19 pandemic, can be conducted using RT-qPCR-based screening of municipal wastewater samples. Although it provides rapid viral detection and can inform SARS-CoV-2 abundance in wastewater, this approach lacks the resolution required for viral genotyping and does not support tracking of viral genome evolution. The recent emergence of several variants of concern, a result of mutations across the genome including the accrual of important mutations within the viral spike glycoprotein, has highlighted the need for a method capable of detecting the cohort of mutations associated with these and newly emerging genotypes. Here we provide an innovative methodology for the recovery of a near-complete SARS-CoV-2 sequence from a wastewater sample collected from across Canadian municipalities including one that experienced a significant outbreak attributable to the SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant of concern. Our results demonstrate that a combined interrogation of genome consensus-level sequences and alternative alleles enables the identification of a SARS-CoV-2 variant of concern and the detection of a new allele within a viral accessory gene that may be representative of a recently evolved B.1.1.7 sublineage.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle