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Enregistrement W3139826906 · doi:10.1038/s41586-021-03191-1

The NIH Somatic Cell Genome Editing program

2021· review· en· W3139826906 sur OpenAlexaff
Krishanu Saha, Erik J. Sontheimer, Philip J. Brooks, Melinda R. Dwinell, Charles A. Gersbach, David R. Liu, Stephen A. Murray, Shengdar Q. Tsai, Ross C. Wilson, Daniel G. Anderson, Aravind Asokan, Jillian F. Banfield, Krystof S. Bankiewicz, Gang Bao, Jeff W. M. Bulte, Nenad Bursac, Jarryd M. Campbell, Daniel F. Carlson, Elliot L. Chaikof, Zheng‐Yi Chen, R. Holland Cheng, Karl J. Clark, David T. Curiel, James E. Dahlman, Benjamin E. Deverman, Mary E. Dickinson, Jennifer A. Doudna, Stephen C. Ekker, Marina E. Emborg, Guoping Feng, Benjamin Freedman, David M. Gamm, Guangping Gao, Ionita Ghiran, Peter M. Glazer, Shaoqin Gong, Jason D. Heaney, Jon D. Hennebold, J. Travis Hinson, Anastasia Khvorova, Samira Kiani, William R. Lagor, Kit S. Lam, Kam W. Leong, Jon E. Levine, Jennifer A. Lewis, Cathleen Lutz, Danith H. Ly, Samantha Maragh, Paul B. McCray, Todd C. McDevitt, Oleg Mirochnitchenko, Ryuji Morizane, Niren Murthy, Randall S. Prather, John A. Ronald, Subhojit Roy, Sushmita Roy, Venkata Sabbisetti, W. Mark Saltzman, Philip J. Santangelo, David J. Segal, Melissa C. Skala, Alice F. Tarantal, John C. Tilton, George A. Truskey, Moriel Vandsburger, Jonathan K. Watts, Kevin D. Wells, Scot A. Wolfe, Qiaobing Xu, Wen Xue, Guohua Yi, Jiangbing Zhou

Notice bibliographique

RevueNature · 2021
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of General Medical SciencesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Eye InstituteNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institutes of Health
Mots-clésGenome editingGenomeSomatic cellComputer scienceHuman genomeComputational biologyBenchmark (surveying)Data scienceBiologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The move from reading to writing the human genome offers new opportunities to improve human health. The United States National Institutes of Health (NIH) Somatic Cell Genome Editing (SCGE) Consortium aims to accelerate the development of safer and more-effective methods to edit the genomes of disease-relevant somatic cells in patients, even in tissues that are difficult to reach. Here we discuss the consortium's plans to develop and benchmark approaches to induce and measure genome modifications, and to define downstream functional consequences of genome editing within human cells. Central to this effort is a rigorous and innovative approach that requires validation of the technology through third-party testing in small and large animals. New genome editors, delivery technologies and methods for tracking edited cells in vivo, as well as newly developed animal models and human biological systems, will be assembled-along with validated datasets-into an SCGE Toolkit, which will be disseminated widely to the biomedical research community. We visualize this toolkit-and the knowledge generated by its applications-as a means to accelerate the clinical development of new therapies for a wide range of conditions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,032

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0100,008

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,342
Écart entre enseignants0,335 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations131
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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