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Enregistrement W3140000853 · doi:10.1101/2021.03.30.437620

NRF1 Association with AUTS2-Polycomb Mediates Specific Gene Activation in the Brain

2021· preprint· en· W3140000853 sur OpenAlexfundno aff
Sanxiong Liu, Kimberly A. Aldinger, Chi Vicky Cheng, Takae Kiyama, Mitali Dave, Hanna K. McNamara, Stefano Giuseppe Caraffi, Ivan Ivanovski, Edoardo Errichiello, Christiane Zweier, Orsetta Zuffardi, Michael Schneider, Antigone Papavasiliou, Μ. Scott Perry, Megan T. Cho, Astrid Weber, Andrew Swale, Tudor C. Badea, Chai‐An Mao, Livia Garavelli, William B. Dobyns, Danny Reinberg

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital limb and hand anomalies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthNYU Langone Medical CenterYork UniversityHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésNRF1CTCFBiologyTranscription factorChromatinHeterochromatinCell biologyTranscription (linguistics)GeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY The heterogeneous complexes comprising the family of Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) are instrumental to establishing facultative heterochromatin that is repressive to transcription. Yet, two PRC1 species, PRC1.3 and PRC1.5, are known to comprise novel components, AUTS2, P300, and CK2 that convert this repressive function to that of transcription activation. Here, we report that patients harboring mutations in the HX repeat domain of AUTS2 exhibit defects in AUTS2 and P300 interaction as well as a developmental disorder reflective of Rubinstein-Taybi syndrome, which is mostly associated with a heterozygous pathogenic variant in CREBBP/EP300 . As well, the absence of AUTS2 gives rise to a mis-regulation of a subset of developmental genes and curtails motor neuron differentiation from embryonic stem cells in the context of a well-defined system. Moreover, the transcription factor, Nuclear Respiratory Factor 1 (NRF1) exhibits a novel and integral role in this aspect of the neurodevelopmental process, being required for PRC1.3 recruitment to chromatin.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,013

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,198
Écart entre enseignants0,190 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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