Enregistrement W3141635963 · doi:10.1186/s13059-021-02320-3

Response to correspondence on “Reproducibility of CRISPR-Cas9 methods for generation of conditional mouse alleles: a multi-center evaluation”

2021· letter· en· W3141635963 sur OpenAlexaff

Channabasavaiah B. Gurumurthy, Aidan R. O’Brien, Rolen M. Quadros, John H. Adams, Pilar Alcaide, Shinya Ayabe, Johnathan Ballard, Surinder K. Batra, Marie‐Claude Beauchamp, Kathleen A. Becker, Guillaume Bernas, David Brough, Francisco J. Carrillo‐Salinas, Wesley Chan, Hanying Chen, Ruby Dawson, Victoria DeMambro, Jinke D’Hont, Katharine M. Dibb, James D. Eudy, Lin Gan, Jing Gao, Amy Gonzales, Anyonya R. Guntur, Huiping Guo, Donald W. Harms, Anne Harrington, Kathryn E. Hentges, Neil Humphreys, Shiho Imai, Hideshi Ishii, Mizuho Iwama, Eric Jonasch, Michelle Karolak, Bernard Keavney, Nay-Chi Khin, Masamitsu Konno, Yuko Kotani, Yayoi Kunihiro, Imayavaramban Lakshmanan, Catherine Larochelle, Catherine B. Lawrence, Lin Li, Volkhard Lindner, Xian-De Liu, Gloria López‐Castejón, Andrew Loudon, Jenna Lowe, Loydie Jerome-Majeweska, Taiji Matsusaka, Hiromi Miura, Yoshiki Miyasaka, Benjamin Morpurgo, Katherine J. Motyl, Yo-ichi Nabeshima, Koji Nakade, Toshiaki Nakashiba, Ken‐ichi Nakashima, Yuichi Obata, Sanae Ogiwara, Mariette Ouellet, Leif Oxburgh, Sandra Piltz, Ilka Pinz, Moorthy P. Ponnusamy, David Ray, Ronald Redder, Clifford J. Rosen, Nikki Ross, Mark Ruhe, Larisa Ryzhova, Ane Salvador, Sabrina Alam, Radislav Sedláček, Karan Sharma, Chad Smith, Katrien Staes, Lora Starrs, Fumihiro Sugiyama, Satoru Takahashi, Tomohiro Tanaka, Andrew W. Trafford, Yoshihiro Uno, Leen Vanhoutte, Frederique Vanrockeghem, Brandon Willis, Christian S. Wright, Yuko Yamauchi, Xin Yi, Kazuto Yoshimi, Xuesong Zhang, Yingxin Zhang, Masato Ohtsuka, Satyabrata Das, Daniel J. Garry, Tino Hochepied, Paul Q. Thomas, Jan Parker‐Thornburg, Antony Adamson, Atsushi Yoshiki, Jean-Francois Schmouth, Andrei Golovko, William R. Thompson, K. C. Kent Lloyd, Joshua A. Wood, Mitra Cowan, Tomoji Mashimo, Seiya Mizuno, Hao Zhu, Petr Kašpárek, Lucy Liaw, Joseph M. Miano, Gaétan Burgio

Notice bibliographique

RevueGenome biology · 2021

Typeletter

Langueen

DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology

ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering

Établissements canadiensMcGill UniversityCentre Hospitalier de l’Université de MontréalMcGill University Health Centre

Organismes subventionnairesSchool of Medicine, Tokai UniversitySchool of Medicine, Indiana UniversityUniversity of Texas MD Anderson Cancer CenterWellcome TrustManchester Collaborative Centre for Inflammation ResearchUniversiteit GentUniversity of ManchesterBritish Heart FoundationUniversity of RochesterDirectorate for Biological SciencesMedical Research CouncilChildren’s Hospital of Wisconsin Research InstituteMedical Center, University of RochesterUniversity of Nebraska Medical Center

Mots-clésBiologyCRISPRHuman geneticsGeneticsAlleleComputational biologyCas9ReproducibilityGeneStatistics

DOI10.1186/s13059-021-02320-3

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009

score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,029

Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated

Catégories candidatesMétarecherche

Catégories consensuellesaucune

DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune

Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet

GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire

Score de désaccord entre enseignants0,991

Score d'incertitude au seuil0,058

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,009	0,029
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,001	0,001
Méta-épidémiologie (sens large)	0,002	0,002
Bibliométrie	0,001	0,001
Études des sciences et des technologies	0,006	0,003
Communication savante	0,005	0,002
Science ouverte	0,002	0,002
Intégrité de la recherche	0,045	0,042
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,006	0,007

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,090

Tête enseignante GPT0,452

Écart entre enseignants0,361 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail

Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle