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Enregistrement W314487992 · doi:10.1038/ncomms8001

Enhanced meta-analysis and replication studies identify five new psoriasis susceptibility loci

2015· review· en· W314487992 sur OpenAlexaff
Lam C. Tsoi, Sarah L. Spain, Eva Ellinghaus, Philip E. Stuart, Francesca Capon, Jo Knight, Trilokraj Tejasvi, Hyun Min Kang, Michael H. Allen, Sylviane Lambert, Stefan Stoll, Stephan Weidinger, Jóhann E. Guðjónsson, Sulev Kõks, Külli Kingo, Tõnu Esko, Sayantan Das, Andres Metspalu, Michael Weichenthal, Charlotta Enerbäck, Gerald G. Krueger, John J. Voorhees, Vinod Chandran, Cheryl F. Rosen, Proton Rahman, Dafna D. Gladman, André Reis, Rajan P. Nair, André Franke, Gonçalo R. Abecasis, Richard C. Trembath, James T. Elder

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2015
Typereview
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiquePsoriasis: Treatment and Pathogenesis
Établissements canadiensMemorial University of NewfoundlandToronto Western HospitalUniversity of TorontoCentre for Addiction and Mental Health
Organismes subventionnairesEuropean Regional Development FundNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesMedical Research CouncilNational Institutes of HealthExzellenzclusters EntzündungsforschungTartu ÜlikoolDeutsche ForschungsgemeinschaftHeinz Nixdorf StiftungNational Institute for Health and Care ResearchBundesministerium für Bildung und ForschungU.S. Department of Veterans AffairsKing's College LondonPsoriasis AssociationWellcome Trust
Mots-clésGenome-wide association studyBiologyGeneticsPsoriasisImputation (statistics)Genetic architectureGenetic associationComputational biologyDiseaseMeta-analysisHuman geneticsPopulationLocus (genetics)GenomeGenotypeEvolutionary biologyGeneQuantitative trait locusSingle-nucleotide polymorphismMedicineImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Psoriasis is a chronic autoimmune disease with complex genetic architecture. Previous genome-wide association studies (GWAS) and a recent meta-analysis using Immunochip data have uncovered 36 susceptibility loci. Here, we extend our previous meta-analysis of European ancestry by refined genotype calling and imputation and by the addition of 5,033 cases and 5,707 controls. The combined analysis, consisting of over 15,000 cases and 27,000 controls, identifies five new psoriasis susceptibility loci at genome-wide significance (P<5 × 10−8). The newly identified signals include two that reside in intergenic regions (1q31.1 and 5p13.1) and three residing near PLCL2 (3p24.3), NFKBIZ (3q12.3) and CAMK2G (10q22.2). We further demonstrate that NFKBIZ is a TRAF3IP2-dependent target of IL-17 signalling in human skin keratinocytes, thereby functionally linking two strong candidate genes. These results further integrate the genetics and immunology of psoriasis, suggesting new avenues for functional analysis and improved therapies. About 2% of the population are affected by psoriasis, a chronic skin disease with complex genetics. Here Tsoi et al.conduct a meta-analysis of several genome-wide association studies and identify five novel loci, helping to further our understanding of the biology behind this condition.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,649
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,002
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,193
Tête enseignante GPT0,435
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations199
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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