A review of the taxonomy, genetics, and biology of the genus <i>Escherichia</i> and the type species <i>Escherichia coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Historically, bacteriologists have relied heavily on biochemical and structural phenotypes for bacterial taxonomic classification. However, advances in comparative genomics have led to greater insights into the remarkable genetic diversity within the microbial world, and even within well-accepted species such as Escherichia coli. The extraordinary genetic diversity in E. coli recapitulates the evolutionary radiation of this species in exploiting a wide range of niches (i.e., ecotypes), including the gastrointestinal system of diverse vertebrate hosts as well as non-host natural environments (soil, natural waters, wastewater), which drives the adaptation, natural selection, and evolution of intragenotypic conspecific specialism as a strategy for survival. Over the last few years, there has been increasing evidence that many E. coli strains are very host (or niche)-specific. While biochemical and phylogenetic evidence support the classification of E. coli as a distinct species, the vast genomic (diverse pan-genome and intragenotypic variability), phenotypic (e.g., metabolic pathways), and ecotypic (host-/niche-specificity) diversity, comparable to the diversity observed in known species complexes, suggest that E. coli is better represented as a complex. Herein we review the taxonomic classification of the genus Escherichia and discuss how phenotype, genotype, and ecotype recapitulate our understanding of the biology of this remarkable bacterium.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».