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Enregistrement W3145313197 · doi:10.1038/s41598-021-87301-z

Gene expression profiling of brain endothelial cells after experimental subarachnoid haemorrhage

2021· article· en· W3145313197 sur OpenAlexafffund
Michael K. Tso, Paul J. Turgeon, Bert Bosche, Charles K. Lee, Tian Nie, Josephine A. D’Abbondanza, Jinglu Ai, Philip A. Marsden, R. Loch Macdonald

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueIntracranial Aneurysms: Treatment and Complications
Établissements canadiensUniversity of TorontoUniversity of CalgarySt. Michael's Hospital
Organismes subventionnairesDeutsche ForschungsgemeinschaftPhysicians' Services Incorporated FoundationCanadian Institutes of Health ResearchNeurosurgery Research and Education Foundation
Mots-clésGene expression profilingProfiling (computer programming)Subarachnoid haemorrhageGene expressionSubarachnoid hemorrhageComputational biologyNeuroscienceBioinformaticsMedicineGeneBiologyComputer scienceGeneticsInternal medicineSurgery

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Subarachnoid haemorrhage (SAH) is a type of hemorrhagic stroke that is associated with high morbidity and mortality. New effective treatments are needed to improve outcomes. The pathophysiology of SAH is complex and includes early brain injury and delayed cerebral ischemia, both of which are characterized by blood-brain barrier (BBB) impairment. We isolated brain endothelial cells (BECs) from mice subjected to SAH by injection of blood into the prechiasmatic cistern. We used gene expression profiling to identify 707 unique genes (2.8% of transcripts, 403 upregulated, 304 downregulated, 24,865 interrogated probe sets) that were significantly differentially expressed in mouse BECs after SAH. The pathway involving prostaglandin synthesis and regulation was significantly upregulated after SAH, including increased expression of the Ptgs2 gene and its corresponding COX-2 protein. Celecoxib, a selective COX-2 inhibitor, limited upregulation of Ptgs2 in BECs. In this study, we have defined the gene expression profiling of BECs after experimental SAH and provide further insight into BBB pathophysiology, which may be relevant to other neurological diseases such as traumatic brain injury, brain tumours, ischaemic stroke, multiple sclerosis, and neurodegenerative disorders.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,262
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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