Ecological, functional, and genomic characterization of the bacterial endophytes in plants growing in a hydrocarbon contaminated oil field site
Notice bibliographique
Résumé
In the last decade, there has been an increasing awareness of the plant microbiota’s role in plant growth and fitness. Of particular interest is the plant-bacterial endophytes’ partnership to degrade organic contaminants. This thesis assessed the ecological diversity and function of bacterial endophytes (BEs) in pioneer plants growing in highly contaminated soil around the vicinity of a crude oil pump in Oil Springs, Ontario, Canada. This study focused on the bacteria in the stem endosphere, an understudied ecological niche in the plant-bacterial system. The plants are not only exposed to both soluble petroleum hydrocarbons from the soil, but also to volatile atmospheric hydrocarbons in the ambient air. BEs were isolated and analyzed through culture-dependent and -independent means. 16S-based terminal restriction fragment length polymorphism analysis revealed significant differences between the endophytic bacterial communities, showing them to be plant host specific. Culture-dependent analyses revealed predominance of Actinobacteria and Gammaproteobacteria in the spring and summer seasons, respectively. Notably, there was a >50% taxonomic overlap (genus level) of 16s rRNA high-throughput amplicon sequences with cultivable endophytes. BEs demonstrated hydrocarbon degrading and plant growth promoting potential. Interestingly, our findings revealed that functional capabilities of bacterial isolates being examined were not influenced by the presence of contamination, and that the stem endosphere supports the same predominant BEs in all plant hosts in both contaminated and noncontaminated sites. Genomic analyses of BEs that were present in all the plants sampled in Spring–Plantibacter flavus 251 and Microbacterium foliorum 122 revealed absence of known hydrocarbon degrading genes despite demonstrated utilization of hydrocarbon substrates, indicating potentially novel hydrocarbon degrading genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».