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Enregistrement W3146381713 · doi:10.1038/s41467-021-22303-z

Landscapes of cellular phenotypic diversity in breast cancer xenografts and their impact on drug response

2021· article· en· W3146381713 sur OpenAlexaff
Dimitra Georgopoulou, Maurizio Callari, Oscar M. Rueda, Abigail Shea, Alistair Martin, Agnese Giovannetti, Fatime Qosaj, A. Dariush, Suet‐Feung Chin, Larissa S. Carnevalli, Elena Provenzano, Wendy Greenwood, Giulia Lerda, Elham Esmaeilishirazifard, Martin O’Reilly, Violeta Serra, Dario Bressan, H. Raza Ali, M. Al Sa’d, Shahar Alon, Samuel Aparício, Giorgia Battistoni, Shankar Balasubramanian, Robert O. Becker, Bernd Bodenmiller, E. S. Boyden, Alejandra Bruna, Marcel Burger, Carlos Caldas, Ian G. Cannell, Helen Casbolt, N. Chornay, Yi Cui, K. Dinh, A. Emenari, Y. Eyal-Lubling, Jean Fan, Ali Fatemi, Edward A. Fisher, E. A. González-Solares, C. Gónzalez-Fernández, Douglas C. Goodwin, Francesco Grimaldi, Gregory J. Hannon, Opusunju Boma Harris, Shelley Harris, Cristina Jauset, Johanna A. Joyce, Emmanouil D. Karagiannis, Tatjana Kovačević, Laura Kuett, Russell Kunes, Yoldaş A. Küpcü, Daniel Lai, Emma Laks, Hsuan Lee, M. Lee, Y. Li, Andrew McPherson, Neal L. Millar, Claire M. Mulvey, Fiona Nugent, Ciara H. O’Flanagan, Marta Pàez‐Ribes, I. Pearsall, Andrew Roth, Tamara Ruiz, Kirsty Sawicka, Leonardo A. Sepúlveda, Sohrab P. Shah, Anubhav Sinha, Adrian L. Smith, S. Tavaré, Sandra Tietscher, Ignacio Vázquez-Garćıa, Siegfried Vogl, N. A. Walton, Asmamaw T. Wassie, Spencer S. Watson, Joanna Weselak, Sonja Wild, Elena Williams, Jonas Windhager, Tristan Whitmarsh, C. Xia, Ping Zheng, Xiaowei Zhuang, Gordon B. Mills, Sabina S. Cosulich

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensProvincial Health Services AuthorityUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCancer Research UK Cambridge Institute, University of CambridgeHorizon 2020 Framework ProgrammeEuropean CommissionMedical Research CouncilRoyal SocietyNational Cancer InstituteUniversity of CambridgeCancer Research UKAstraZenecaHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésDrug responsePhenotypeBreast cancerDiversity (politics)BiologyDrugCancerComputational biologyCancer researchEvolutionary biologyMedicineBioinformaticsGeneticsPharmacologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The heterogeneity of breast cancer plays a major role in drug response and resistance and has been extensively characterized at the genomic level. Here, a single-cell breast cancer mass cytometry (BCMC) panel is optimized to identify cell phenotypes and their oncogenic signalling states in a biobank of patient-derived tumour xenograft (PDTX) models representing the diversity of human breast cancer. The BCMC panel identifies 13 cellular phenotypes (11 human and 2 murine), associated with both breast cancer subtypes and specific genomic features. Pre-treatment cellular phenotypic composition is a determinant of response to anticancer therapies. Single-cell profiling also reveals drug-induced cellular phenotypic dynamics, unravelling previously unnoticed intra-tumour response diversity. The comprehensive view of the landscapes of cellular phenotypic heterogeneity in PDTXs uncovered by the BCMC panel, which is mirrored in primary human tumours, has profound implications for understanding and predicting therapy response and resistance.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,547
Score d'incertitude au seuil0,266

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations59
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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