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Enregistrement W3146389872 · doi:10.1101/2021.03.29.437504

Single-cell analysis of the human pancreas in type 2 diabetes using multi-spectral imaging mass cytometry

2021· preprint· en· W3146389872 sur OpenAlexaff
Minghui Wu, Michelle Y. Y. Lee, Daniel Traum, Jonathan Schug, Irina Kusmartseva, Mark A. Atkinson, Klaus H. Kaestner

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensPancreas Centre (Canada)Institute of Nutrition, Metabolism and Diabetes
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthLeona M. and Harry B. Helmsley Charitable TrustUniversity of Pennsylvania
Mots-clésMass cytometryPancreasStromal cellImmune systemIsletType 2 diabetesDiabetes mellitusCell typeEnteroendocrine cellBiologyEndocrine systemFlow cytometryCD8EndocrinologyInternal medicineCellImmunologyMedicineCancer researchHormonePhenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY Type 2 diabetes mellitus (T2D) is a chronic age-related disorder characterized by hyperglycemia due to the failure of pancreatic beta cells to compensate for increased insulin demand, typically associated with peripheral insulin resistance. However, despite decades of research, the pathogenic mechanisms underlying T2D remain poorly defined. Imaging mass cytometry (IMC) enables multiplexed assessment of the abundance and subcellular localization of multiple proteins on the same tissue section. Herein, we utilized IMC with a panel of 34 antibodies to quantify key markers of pancreatic exocrine, islet, and immune cells as well as stromal components. We employed this panel to analyze over 2.1 million cells from 16 pancreata obtained from donors with T2D and 13 pancreata from age similar non-diabetic controls. In the T2D pancreata, we observed significant alterations in islet architecture, endocrine cell composition, and surprisingly immune cell constituents. Thus, both HLA-DR positive CD8 T cells and macrophages were enriched intra-islet in the T2D pancreas. These efforts demonstrate the utility of IMC to investigate complex events at the cellular level in order to provide new insights into the pathophysiology of T2D.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,152
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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