Standardization of microbiome studies for urolithiasis: an international consensus agreement
Notice bibliographique
Résumé
Numerous metagenome-wide association studies (MWAS) for urolithiasis have been published, leading to the discovery of potential interactions between the microbiome and urolithiasis. However, questions remain about the reproducibility, applicability and physiological relevance of these data owing to discrepancies in experimental technique and a lack of standardization in the field. One barrier to interpreting MWAS is that experimental biases can be introduced at every step of the experimental pipeline, including sample collection, preservation, storage, processing, sequencing, data analysis and validation. Thus, the introduction of standardized protocols that maintain the flexibility to achieve study-specific objectives is urgently required. To address this need, the first international consortium for microbiome in urinary stone disease - MICROCOSM - was created and consensus panel members were asked to participate in a consensus meeting to develop standardized protocols for microbiome studies if they had published an MWAS on urolithiasis. Study-specific protocols were revised until a consensus was reached. This consensus group generated standardized protocols, which are publicly available via a secure online server, for each step in the typical clinical microbiome-urolithiasis study pipeline. This standardization creates the benchmark for future studies to facilitate consistent interpretation of results and, collectively, to lead to effective interventions to prevent the onset of urolithiasis, and will also be useful for investigators interested in microbiome research in other urological diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».