Pool Testing as a Strategy for Prevention of SARS-CoV-2 Outbreaks in Schools: Protocol for a Feasibility Study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: School closures are a widely implemented strategy for limiting infection spread in the current COVID-19 pandemic. The negative impact of school closures on children and young people is increasingly apparent, however. OBJECTIVE: We aim to evaluate the feasibility of an infection monitoring program in schools to enable targeted quarantining to replace school closures. The program is currently being implemented in two model schools in Magdeburg, Germany, within the framework of the Study of Coronavirus Outbreak Prevention in Magdeburg Schools (Studie zur Ausbruchsvermeidung von Corona an Magdeburger Schulen [STACAMA]). METHODS: Five pupils per class are pseudorandomly selected twice a week and asked to provide a gargle sample over a 16-week evaluation period. RNA is extracted from each sample individually in a laboratory and pooled according to school class for real-time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) analysis. Immediate individual sample testing will be carried out in the case of a positive pool test. Individual RNA extraction prior to pooling and application of rRT-PCR result in high test sensitivity. Testing will be performed in strict adherence to data protection standards. All participating pupils will receive a 16-digit study code, which they will be able to use to access their test. RESULTS: When the study commenced on December 2, 2020, 520 (52%) pupils and their families or guardians had consented to study participation. The study was suspended after four test rounds due to renewed school closures resulting from rising regional infection incidence. Testing resumed when schools reopened on March 8, 2021, at which time consent to participation was provided for 54% of pupils. We will quantitatively and qualitatively evaluate the logistics and acceptability of the program. CONCLUSIONS: The findings from this study should inform the design of infection surveillance programs in schools based on gargle samples and a PCR-based pool testing procedure, enabling the identification of aspects that may require adaptation before large-scale implementation. Our focus on each step of the logistics and on the experiences of families should enable a robust assessment of the feasibility of such an approach. INTERNATIONAL REGISTERED REPORT IDENTIFIER (IRRID): DERR1-10.2196/28673.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,049 | 0,038 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,003 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,069 | 0,018 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».