Restoration of fitness lost due to dysregulation of the pyruvate dehydrogenase complex is triggered by ribosomal binding site modifications
Notice bibliographique
Résumé
Pyruvate dehydrogenase complex (PDC) functions as the main determinant of the respiro-fermentative balance because it converts pyruvate to acetyl-coenzyme A (CoA), which then enters the TCA (tricarboxylic acid cycle). PDC is repressed by the pyruvate dehydrogenase complex regulator (PdhR) in Escherichia coli. The deletion of the pdhR gene compromises fitness in aerobic environments. We evolve the E. coli pdhR deletion strain to examine its achievable growth rate and the underlying adaptive strategies. We find that (1) optimal proteome allocation to PDC is critical in achieving optimal growth rate; (2) expression of PDC in evolved strains is reduced through mutations in the Shine-Dalgarno sequence; (3) rewiring of the TCA flux and increased reactive oxygen species (ROS) defense occur in the evolved strains; and (4) the evolved strains adapt to an efficient biomass yield. Together, these results show how adaptation can find alternative regulatory mechanisms for a key cellular process if the primary regulatory mode fails.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».