Glycerol as a Substrate and Inactivator of Coenzyme B<sub>12</sub>‐Dependent Diol Dehydratase
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Diol dehydratase, dependent on coenzyme B 12 (B 12 ‐dDDH), displays a peculiar feature of being inactivated by its native substrate glycerol (GOL). Surprisingly, the isofunctional enzyme, B 12 ‐ independent glycerol dehydratase (B 12 ‐iGDH), does not undergo suicide inactivation by GOL. Herein we present a series of QM/MM and MD calculations aimed at understanding the mechanisms of substrate‐induced suicide inactivation in B 12 ‐dDDH and that of resistance of B 12 ‐iGDH to inactivation. We show that the first step in the enzymatic transformation of GOL, hydrogen abstraction, can occur from both ends of the substrate (either C1 or C3 of GOL). Whereas C1 abstraction in both enzymes leads to product formation, C3 abstraction in B 12 ‐dDDH results in the formation of a low energy radical intermediate, which is effectively trapped within a deep well on the potential energy surface. The long lifetime of this radical intermediate likely enables its side reactions, leading to inactivation. In B 12 ‐iGDH, by comparison, C3 abstraction is an endothermic step; consequently, the resultant radical intermediate is not of low energy, and the reverse process of reforming the reactant is possible.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».