Genome-wide analysis to investigate patterns of ecotype divergence, population structure and life history changes in deep-spawning sockeye salmon, Oncorhynchus nerka
Notice bibliographique
Résumé
Sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) have been a classic study system for investigating ecotype divergence due to their tremendous life history variation. Multiple independent lineages of freshwater O. nerka (kokanee) have evolved from anadromous sockeye, and these migratory forms are further divided into reproductive ecotypes, depending on spawning location (shore-, stream- and deep-spawners). Deep-spawning O. nerka in Canada and Japan share unique phenotypic traits, but little is known about the origin and genomic basis of this ecotype. Here, we conducted genome-wide analyses of deep-spawning O. nerka on multiple scales, from regional populations in British Columbia, Canada, to those that span the pan Pacific distribution. First, we analyzed the Alouette Lake (British Columbia) O. nerka population, which (a) consists of both migrant and resident individuals, and (b) is the only known O. nerka population where migrants exhibit deep-spawning behaviour, leading to questions regarding the true ecotype of this population. To investigate the genomic basis of life history variation in this system, we collected SNP data (n = 7,709) for migrant and resident Alouette O. nerka (n = 163) and analyzed these samples relative to each other and O. nerka (n = 149) from known anadromous sockeye salmon and kokanee populations across the Fraser River drainage. Population structure analyses revealed five distinct clusters, primarily associated with geography, and no evidence for differentiation between resident and migrant Alouette O. nerka at the neutral loci. However, we identified eight high-confidence outlier loci divergent between migrant and resident Alouette O. nerka that were located on sex chromosomes, suggesting an association between migratory behaviour and sex in this system. We conclude that Alouette O. nerka likely represents a single stock best characterized as land-locked sockeye salmon, with individuals that retain the ability to migrate. Second, we genotyped deep- and stream-spawning kokanee (n = 167) from Canada and Japan at 9,721 SNPs, revealing a low number of shared ecotype-associated outliers between the two regions. Unlike in British Columbia, population clustering within Japan was best explained by translocation history. Taken together, these data suggest that evolution of the deep-spawning ecotype on two continents likely proceeded through different genetic pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».