Identification of Key Transcription Factor Target Interactions That Regulate Prostate Cancer Metastasis
Notice bibliographique
Résumé
Prostate cancer remains the most commonly diagnosed cancer in U.S. males, and ranks second in mortality with over 28,000 deaths per year. The standard of care for patients with recurrent, aggressive prostate cancer is androgen deprivation therapy (ADT), but the benefits from ADT are typically short‐lived. Recurrent disease following ADT treatment is termed castration‐resistant prostate cancer (CRPC), and is generally incurable after progression to metastatic disease. Therefore, understanding the mechanisms underlying CRPC and subsequent progression to metastatic disease is critical. To gain insights into how transcriptional networks change in response to ADT and lead to metastasis, we have identified the relationships between transcription factors and corresponding gene targets in matched pre‐ADT and post‐ADT tissue samples, as well as matched primary and metastatic lesions. First, we generated gene expression data by sequencing RNA from 24 formalin‐fixed paraffin‐embedded patient‐matched pre‐ADT needle core biopsies and corresponding post‐ADT radical prostatectomy prostate cancer samples. For generating metastatic networks, we used publicly available expression data from matched primary prostate and metastatic tumors. Next, we integrated mRNA expression, protein‐protein interaction, and DNA binding motif data using the PANDA algorithm to reverse engineer transcriptional networks. We identified key transcription factors with significant gains or losses of interactions with target genes specifically in metastatic networks. We also identified putative novel key prostate cancer specific transcription factor interactions that share multiple gene targets, such as ETS1 and GATA2, possibly revealing relationships that directly contribute to increased metastatic potential. By comparing changes in post‐ADT and metastatic transcriptional networks, we may identify critical transcription factor‐target gene interactions that are essential for the progression of CRPC to metastatic disease. This study may thus provide insights into novel therapeutic approaches for treatment of CRPC and prevention of metastasis, as well as prognosis of patients with poor outcomes. Support or Funding Information Movember Foundation
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».