Next generation sequencing, insect microbiomes, and the confounding effect of <i>Wolbachia</i>: a case study using spotted-wing drosophila (<i>Drosophila suzukii</i>) (Diptera: Drosophilidae)
Notice bibliographique
Résumé
Next generation sequencing (NGS) increasingly is being used to characterize the gut microbiome of insects to provide insights into the ecology and biology of the host, but results may be confounded by co-occurring infections of bacteria genus Wolbachia Hertig, 1936 in the cells of the host. We illustrate this issue using spotted-wing drosophila, Drosophila suzukii (Matsumura, 1931) (Diptera: Drosophilidae), as an example. With an assay based on polymerase chain reactions, we detected Wolbachia in 20% of flies collected from sites in British Columbia, Alberta, and Newfoundland and Labrador, Canada. With NGS, we determined that the total microbiome of infected flies was dominated by Wolbachia (mean of 98.8%) with mean values of bacterial richness and diversity 1.4- and 22-fold lower than that of co-occurring, uninfected flies (mean of 0.6% Wolbachia). We review options available to address the confounding factor of Wolbachia, which vary with the presence of infections in the population, the prevalence of infected individuals in the population, and the titre of Wolbachia in infected individuals. Understanding this issue and how it can be resolved is of broad importance, given that an estimated 40% of terrestrial arthropod species harbour Wolbachia infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».